约翰福音的作者考证问题，历来均引起热烈的讨论。限于篇幅，我们只能对主要的意见作简略的介绍。
第一、依据早期教父著作的资料显示，有一种根深蒂固的传统看法，指出约翰福音的作者就是使徒约翰。可是，在本福音书中并没有明确说明作者是谁，我们可以肯定这传统说法是可靠的吗？其实早在爱任纽（Irenaeus，约主后130至200年）的时候，已出现使徒约翰就是原作者的说法。爱任纽或许因认识那位熟悉使徒约翰的坡旅甲（Polycarp，约第二世纪中旬），而从他那里认识这个具说服力的传统看法。虽然坡旅甲在其写给腓立比教会的书信中，并没有提到或是引用约翰福音，不过，这却不足以表示他不晓得该福音书的存在。当时，唯一拒绝接受这种传统看法的是亚高尔派 （Alogoi），他们似乎是罗马城里一小群分离主义分子。后来，希坡律陀（Hyppolytus）写了一篇辩护文章，对他们的观点加以驳斥。要考证本书在爱任纽年代以前的历史并不容易，但从它毫无置疑地与其它3卷福音书被置于四福音之列，可见它的权威长久以来已为人所接受。
第二、本福音书的一些内证可以证明传统说法的可靠性（例如一14，十九35，二十一24）。有些学者对这些经文有不同的解释，然而最贴切的解释依然是作者藉这些经文来解释自己是福音书所记载之事迹的见证人。
在本福音书里，施洗约翰只称为约翰，而西庇太的儿子约翰则不见影踪。由此看来，一个可能性极高的解释便是本书的作者就是那位未被提及的约翰。
另外一个值得思考的问题是本福音书内那位佚名的「耶稣所爱的门徒」，这门徒极可能是使徒约翰。有些学者认为约翰不会这样自称，因而推论使徒约翰并不是本书的作者。我们的确无法确定这位「耶稣所爱的门徒」究竟是谁，不过从他和彼得的密切关系，以及他和耶稣在楼房里的亲密关系，有理由相信这位主所爱的门徒就是约翰。
第三、作者似乎很熟悉当时巴勒斯坦的情形及犹太人的生活习惯。因此，我们有理由相信作者是在巴勒斯坦地方成长的犹太人。
第四、本福音书详细交代了部分事迹的详细资料，如：迦拿婚宴中水缸的数目，以及加利利海的鱼获数量，证明作者是这些事迹的目击证人。这些细节对于所提及的事件并非关键，却能增加叙述的逼真性。
第五、本福音书里有浓厚的希利尼（希腊）色彩，而使徒约翰不是说希利尼话的犹太人，所以有人以此作为拒绝接受传统看法的理据。此外，本书和当时称为《希耳米》（Hermetica）的非基督教哲学著作有相似的地方，也支持了这种说法。然而，本书虽然使用了一些亚历山太的斐罗及希耳米作者常用的文字，却不一定证明作者是说希利尼话的人（Hellenist）。同时，本书里也有一些思想很接近在昆兰发现的犹太文献，这样的发现其实也削弱了作者是说希利尼话的论据。
第六、由于约翰是加利利的渔夫，而本书的作者则熟练地使用拉比式的辩论技巧，这也是部分人拒绝接受使徒约翰是作者的另一个理据。但是，我们必须留意的是，本福音书内的辩论技巧，其实是耶稣教导人的时候所使用的方式，而不是作者的叙述手法。无可否认，我们在分辨究竟哪些是作者写的或是耶稣说的话时，有一定的困难。
第七、对于耶稣同时代的人，本书作者的语气似乎充满了敌意，他称这些人为「犹太人」，似乎为了区别大家的不同种族。这或许就是犹太基督徒情感深切地回应本族人敌对耶稣之的证明。
第八、其它的理论多数采取保留约翰和本书存着一些联系的说法，就是接受他为见证人，而另外有人代为撰写成书。最广为人接受的理论指出作者是另外一位作长老的约翰。假若福音书是由两位约翰密切合作而写成的，那么早期的人极有可能把他们混淆了。这套理论其实建基于帕皮亚（Papias）模棱两可的言论，他根本没有清楚说明究竟这位约翰长老有没有写下任何福音书。
第九、有些人则完全拒绝约翰是本书作者的说法，他们认为是别人为了使本书更具权威而采用了使徒约翰的名字。
综观以上种种不同的论点，要下结论绝对不容武断。但依据各种外证与内证而指出本书的作者是使徒约翰，应是很合理的结论。
作者在第二十章31节清楚陈明写作目的乃是福音性的。约翰福音的写作目的是为了叫人相信耶稣是基督，是神的儿子。记述不同的神迹就是为了叫人相信，因此本书所提及的相信和不信的对立场面，都具有非常深刻的意义。约翰选择的叙述故事及教导讲论，就是为了使人更专注于耶稣的每个宣称。约翰无意编写一本人物传记或是心理分析书籍。此书的福音性动机并没有削弱其历史的准确性。因为只有准确的历史记载才能带来有意义的神学教导。约翰或许觉得有些事件具有象征意义，不过这并非否定事件本身的历史性和真实性。
除此以外，约翰还可能有一些附加目的，例如交代耶稣和施洗约翰的关系，又或是驳斥「幻影说」（Docetism，一种区别肉身耶稣及神性基督的理论）的错误理解。
许多人认为本书是以希腊化的方式来介绍基督教。本书的序言（一1-18）可以支持这种说法。但更值得留意的是，单凭这个序言，我们能否决定全书的写作目的。我们应该从全文来看序言的意义，而不应倒转以序言来概括全文的意义。耶稣的教导对犹太人或希腊人来说，都是十分容易明白的。
约翰福音在内容要义及叙述方式两方面，均与其它3卷福音书有显著的分别。许多符类福音所记载的事迹都没有在本书里出现，同样的，符类福音也缺少约翰福音所记述的大部份事件。总括来说，除了耶稣受难过程的叙述外，四福音都各自有不同的记述取向。最显著不同的，是符类福音注重耶稣在加利利的事工，而约翰福音则着重耶稣在耶路撒冷的事工。这或许就是耶稣的教导形式有所不同的缘故：符类福音多记述耶稣讲论比喻，而约翰福音则是记述了耶稣与人的对话和讲论。此外，也有一些历史事件似乎有不同记述，例如洁净圣殿、耶稣被捉拿前的事件次序、祂事奉的年日，以及最后晚餐的日子等。有些人就因此断言约翰意图改正及取代符类福音。这样的论调是难以成立的，因为不少时候，约翰是以符类福音作为他记述事件的基础，所以，若说约翰福音补充符类福音的不足，相信较为合理。而最叫人难以明白的，是四福音的作者对耶稣受难的过程，采用了不同的时序，我们可以推测他们可能采用了不同的历法，但暂时仍未能下定论。
乍看之下，约翰福音似乎呈现一位与符类福音不一样的耶稣，以致令人怀疑主角不是同属一个人。我们不能因此下定论。我们若能考虑到不同的福音书有不同目的，以及耶稣谈话对象的不同，就会觉得那个差异较为合理。约翰很可能比其它人更加留意耶稣讲论中的沉思风格。
我们无法在爱任纽的时代之前找到有关约翰福音的资料。不过，我们可以肯定游斯丁（Justin，主后150年）知道约翰福音的存在，并且也曾引用它；很可能伊格那丢（Ignatius，主后115年）也知道它的存在。除了早期教父的一些引证之外，尚有另外两份第二世纪初期的蒲草手抄本，也显示本福音书已经存在和有人传阅了。一份是约翰福音的残章，另外一份则是与四福音书文字相近的手抄本。因此，约翰福音的成书日期不能迟过第一世纪。如果使徒约翰真的是作者，写作年代不会迟于第一世纪结束之前的那几年。由于这福音书是写于符类福音之后，大部分人也相信成书日期应在第一世纪末（约在主后90年）。当然，这只是推测的日期。
写作地点方面，传统上认定约翰住在以弗所，我们亦没有相反的证据。有些人则认为这种说法不可靠，甚至认为约翰并没有活到老年。这种指称约翰在本福音书成书之前就殉道的说法，并没有任何可靠的证据，而指约翰老迈而死的传统说法，则比较可信。
约翰最重要的神学思想均集中于介绍基督。故此，本书的写作目的多被公认为神学性，甚至是以基督论（Christology）为焦点的，也就是把讨论集中在耶稣是弥赛亚及神子的身分上。犹太人不止一次谈论耶稣弥赛亚的身分（七26-27，十24）。此外，本福音书有３个耶稣弥赛亚身分的宣告（一41，四29，十一27）。对作者而言，耶稣就是犹太人对弥赛亚盼望的实现。因此，本书也有不少旧约经文的暗示。
本福音书特别强调耶稣就是神的儿子，多次提到耶稣论及祂与天父的亲密关系。虽然符类福音也有论及这些，约翰福音却是特别值得我们留意的，因为在「子」旧约称号之外，往往没有补充的描述。父借着子完成了救恩的计划。神因着爱而差遣祂的儿子来到这世界（三16）。父借着子向这世界启示祂自己（一18）。耶稣被控于彼拉多前，是因为祂自称为神的儿子，在犹太人的律法里，这是死罪（十九7）。
符类福音最特别的地方是论述耶稣为「人子」。虽然，这在约翰福音里并非很明显，却仍是约翰福音的主题之一。人子不但将父彰显给世人看，祂自己也会被高举起来（三13-14）。高举是要使人子得到荣耀（十二23）。此外，本福音书也常论述耶稣那完全的人性。祂具有人的思想情绪，会有饥饿、口渴以及疲倦的感觉。我们不能脱离耶稣的人性来研究基督的神性。
序言很清楚的论述基督的先存性和神性。「道」（希腊文：logos）不单是在起初的时候与神同在，祂本身就是神（一1），并且就是这「道」成了肉身，并且祂就是基督。不论作者这「道」的观念是从何而来，他的基督论是非常清楚的。他所描绘的不但是一个人，也是那先存的，与父共同创造世界的神子（一3）。
约翰福音里的基督论有另外一个特点，就是记述了不少耶稣的「我是」讲论。耶稣形容自己就是「道路」、「真理」、「生命」、「复活」、「生命的粮」、「好牧人」、「门」和「葡萄树」。这许多不同的自称显示了耶稣不同的所是和所作。
此外，作者也用了不少比喻性的修辞来形容耶稣事工的性质，就如神的羔羊（一29）、身体的殿（二21）、旷野被高举的蛇（三14）、为羊舍命的好牧人（十11）、落在土里的麦子（十二24）。大祭司认为耶稣的死是对民族有益的，但是约翰却比该亚法看见更深一层的意义（十一51）。在整卷福音书里，读者都能够感受到耶稣钉十字架的时刻愈来愈逼近。
约翰的神学观还有一个特征，就是时常提到圣灵。圣灵使人重生（三5-8），在耶稣得荣耀后降临（七37-39）；除此之外，耶稣临别之际的5次谈话内容，只记述于约翰福音里（十四至十六章）。耶稣形容圣灵是保惠师，是居住在信徒里面的灵，是教师，是见证基督的，是审判世界的，也是引导门徒进入真理的灵。四福音书里，只有约翰福音最清楚显示，圣灵将接续耶稣在世上的工作。
除此以外，我们还可以发现约翰其它的思想特色。本福音书有很强烈的旧约背景。没有提到主的最后晚餐，但有指向它的教导（六章）。此外，约翰强调神的拣选和人响应的责任。本福音书对整个新约神学作出了不少的贡献。它的文字或许简浅，其思想却是深邃的。现代的基督徒都非常喜爱本书许多象征符号的应用，以及令人深思的教导。
也请参阅「福音书的研读」专文。
本书着重耶稣的神性，表示祂拥有神无上的权柄。但与此同时，本书也强调耶稣的人性。正因为耶稣是完全的神、完全的人，祂能成就完全的救恩。
本福音书与其它的福音书不同，它并不以历史上的耶稣作为起点。相反，作者先向读者介绍永恒先存的「道」（希腊文logos）；且要待序言快结束的时候，才让读者知道这「道」就是耶稣。要对整卷福音书有全面的理解，首先必须对「道」有正确的认识。当时，在希腊文献中经常出现「道」这字，因此有很多学者也认为必须参考希腊文献来决定此字对约翰的意义。当时的斯多亚派（Stoics）的学者就以「道」来描绘令天地万物生长运作的宇宙理性（divine reason）。亚历山太的斐罗在其著作中给予更多的发挥，他认为万物藉以被造的正是此道。虽然，表面看来，约翰使用此字词与希腊文化中的观念有相似的地方，其实它们之间的差别很大。斐罗的观念强调道是没有位格的，也非先存的。其中斐罗和约翰之间最显著的不同点，乃是前者拒绝接受道成肉身，而使徒约翰却坚持道成肉身的真理。又有一些学者认为约翰对道的观念与早期教会一些提倡宗教融合（syncretism），称为希耳米（Hermetica）的哲学作品中的道之观念，有相似之处；但严格来说，他们主要的观念还是不同的。也许希腊化的观念和思想为约翰提供了一些使用的词汇，我们却必须往他处寻求它们的基本意义。
我们若研究约翰福音和旧约，必能发现他们在思想模式上有极多相似之处。犹太思想丰富了道的观念。我们在智慧文学里头，发现其中有神借着智慧的道来创造的观念（参箴八）。紧紧联系的则有拉比的教导：律法书有分于创造。死海古卷的发现更加使人理解到，犹太思想对于约翰福音是很重要的。
然而，本序言具有它的独特性。它的观念是基督教的，目的是作好预备功夫，以记录一位独特人物的生平事迹。本福音书就是理解此序言的最佳钥匙，而不是将它们颠倒了。细细的研读本书，将让我们发现序言其实是吻合了福音书即将呈现在我们面前的一切。
约翰福音与创世记的序言极之相似。约翰清楚表明「道」先存于世界的被造。这样的意思隐藏在序言里：「太初有道」。虽然这句的动词的用法属于过去时态，但其意义则属于连续式。现在所存在的道，其实在世界被造之前已经存在了。这4个字介绍了福音书中极深奥的主题，接着下来的两句话更加突显出道的深奥之处。译为with（和合本：「与……同在」的希腊文前置词，含有相交（communion）的意义。当中又有「面向神」之意，因此又指出道和神之间有区别。但是，紧接着来的「道就是神」，却又把读者引进另外一个层面的认识。这样的写法不能够以形容词（那就是：道具有神性）的用法来理解，因为这将削弱了「道就是神」这句话的意思。既然在原文里，在神之前没有冠词，那么这道必然具神的格性。既然神是个名词，约翰必定是确定道的神格（Godhead）本质。道不单有神性（divinity），祂就是神（deity）。
约翰随即宣告道有创造的大能。希腊原文中特别强调道的力量；重申没有道便没有创造。从创造工作中可让读者体会了道与神之间的亲密关系。新约圣经一再重复基督参予创造这个主题。约翰特别强调这主题是为了抵挡诺斯底思想（gnosticism）里的谬误，后者认为道于本质上与神不同，是神与世界的中介者，从而盼望保护神不受这基本上是邪恶的世界所玷污。约翰继续强调，由于道参与创造之工，生命也就理所当然的在祂里面。这也是本福音书的基础命题，在二十章31节这命题再次受到强调，就是读者在道里可以找到生命。
生命和光有十分紧密的关系。在物质世界里，没有光便没有生命，约翰把这个观念应用在属灵的范畴里。因此，我们必须用第4节所提及的「光」去理解第5节经文的意思。每个人的心中应有一道光，指的是良心与理性的光。
第5节的焦点却转移到世人所处的环境──「黑暗」。与道有密切的关系的光与人有关。人只有透过「道」才能得着灵性的醒悟。紧接的一句「黑暗却不明白光」（和合本：「黑暗却不接受光」），可以译为「黑暗却无法胜过光」，两种翻译都表达了相同的真理，而约翰福音就这两个翻译均有全面的解释。我们若参照第10至11节，前者的翻译则更加贴切上下文。
讲述了世界的光后，约翰用了施洗约翰的事奉来揭起耶稣生平事迹的序幕。
第6节指出施洗约翰的事奉「是从神那里差来的」。本福音书经常使用「差」字来形容耶稣的事奉，因此，使用同一字眼来形容祂的开路先锋，真有画龙点睛之妙。也许当时的读者给予施洗约翰的工作有过高的评价（参徒十九3-4），所以施洗约翰一开始就要改正人们的错误观念（参一15、26-27）：一方面，约翰否认自己就是那光；另一方面，约翰一再强调自己只是为光作见证（7-8节）。施洗约翰作见证的目的与历代的基督徒相同：就是「叫众人因他可以信」。
作者从见证的先锋转移到耶稣基督身上。
第9节虽然还未清楚指明耶稣就是那真光。新国际译本的译法是：「那照亮人的真光正来到世上」，「来到」就是指道成肉身。另一个译法（参新国际译本旁注，并和合本）把来到世上这个动词与「人」联接，全句令人以为每个人诞生时就得到此光。相对之下，前者是比较合理的解释。在基督未降临之前，这世上所存有的光乃是被造的光。基督就如祂本身所宣告一般，乃是光的本体（参八12）。
有一点值得留意的是，约翰所说的「世界」不是单指个这被造的物质世界，乃是广泛的意味着被造却抗拒神的人类。实际上，相信神的信徒和抗拒神的世人（世界）之间存有明显的区别。
第10节「世界却不认识他」，显示在约翰的思想中确有信与不信的区别。世人必须自己面对拒绝接受光的后果。
第11节的翻译可引起多重的意义。一是道来到属于祂的地方。另一个则是道来到自己的家，如祂自己的子民以色列。这两种解释也是正确的；不过，根据原著者所使用字眼均属阳性词，则后者的解释较有可能，因为对于作者来说，相信与接受没有太大的分别。
第12-13节正在把之前数节经文的意思重新演绎。约翰现在将焦点放在那些接受这道的人。凡相信的人均能得到做神儿女的权柄，就是成为神的选民的意思，约翰指的并不是从血气生的儿女。这里间接提及重生的问题，但我们会在第三章再作具体的描述。因为属灵的重生与肉身的出生不同，所以约翰清楚的排除了男女交合之道（情欲、人意）。
序言的最后一段开始了耶稣的生平记载，也就是「道成了肉身」。这句重点放在「肉身」一词，代表了耶稣的人性。如果约翰只是用「道披上了人的模样」，就比「道成了肉身」来得逊色和缺乏震撼力了。「肉身」将读者的注意力转移至道介入了人间事的历史过程。神圣的道成了人子耶稣。「住在我们中间」有「支搭帐棚」的意思，它使人想起当年在旷野里神借着会幕住在以色列人中间。「住」变得只有「暂时寄居」的意思。「道成肉身」是一件惊天动地的事，约翰迫切地要把这见证公诸于世。约翰亲身见证了耶稣在世的荣耀（14节下）。因此，「我们」不能解释为所有的基督徒，而「荣耀」也不能解释为耶稣复活之后的荣耀。按上下文显示，的确有些人见证了耶稣基督在肉身时的荣耀，也可能是耶稣变像时的荣耀；但是，更加有可能的解释是，「荣耀」指的是耶稣一生的事奉。这种「荣耀」特别之处在于它是「父独生子的荣光」，是慈爱的天父给予蒙爱独生子的荣耀。因此，在本福音书的序言已经突显了耶稣基督的独一无二。然而，祂不单是从父那儿来，更是「充充满满的有恩典有真理」。约翰盼望读者了解，耶稣的事奉是神恩典的彰显和真理的启示。
第15节的经文显然是特别介入的插句，因为文理显示第16节是紧随14节的。施洗约翰所说的话无疑是加强了约翰为耶稣做的见证。这句重申第1节的意思，指出耶稣的先存性。
第16节很清楚地指出这「丰满的恩典」是「我们都领受了」的。在此，约翰借着第一人称再次强调个人性的经验。新国际译本准确地以「一个接一个的祝福」（和合本：「恩上加恩」）译出原文的意思。这「丰满」并非一次的临到我们，而是要我们渐进式的去体验恩典。摩西和耶稣分别带来亲近神的不同方法，显然借着律法亲近神是比接受耶稣的恩典逊色得多。当然，这里的记载并非要我们去比较它们；我们应该晓得神的工作乃是借着摩西传下律法，而借着耶稣施予恩典的。
序言所欲达到的最高目的，乃是要提醒读者有关第1节所言的。若不借着耶稣，就是那「道」，世人根本就没有可能认识神。「从来没有人看见神」使人回想到旧约圣经，因为连摩西都不得见神的脸。因此，在耶稣里的启示无疑是最伟大的，因为祂将神表明出来。接下来的经文，新国际译本采用了相信是更可靠的原文读本：「在父怀里独一的神」来肯定耶稣的神性。不过，根据「在父怀里」的文意，「独生子」的翻译更符合上文下理。
在序言里提及施洗约翰的事迹是为了阐明耶稣和施洗约翰的关系。从耶路撒冷的犹太人所提出的问题，让我们认识施洗约翰。本福音书中时常出现「犹太人」，但所指的群体并不是相同的。有时，它是指居住在犹大地的人，以区别和加利利的不同处；有时则是指不信耶稣的犹太人；更多时候是用来形容那些拒绝接受耶稣的犹太人领袖。这些领袖差了祭司和利未人来找施洗约翰。此段记载是为了突显先锋施洗约翰及耶稣基督的区别。作者记载犹太人对施洗约翰身分的质疑，是为了他记载的真实性。关于伊莱贾的问题，则使人想起了玛拉基书四章5节。虽然约翰没有特别的声明，有些人觉得这里的记载改正了符类福音的说法，在那里耶稣将施洗约翰等同于伊莱贾（参太十一14，十七12）。约翰本身否认自己是「那先知」，后者是指申命记十八章15至18节一般认为是末世的一位人物。这样的称号似乎与弥赛亚无关（参七40-41）。施洗约翰本身的声明表示他是以赛亚书四十章3节所说在旷野中的「呼声」（23节）。在符类福音里，这样的说法也应用在施洗约翰身上。能够作为耶稣来临前的呼声，施洗约翰已经觉得满足了。
既然约翰已经否认自己就是弥赛亚，人们很自然便开始质疑他施行洗礼的理据，如此一来反而成了他进一步澄清自己和耶稣事奉的分别，这问题使人想起洗礼的权柄。约翰并没有直截了当的回答问题，反而藉此机会阐明有关基督的事迹。约翰用水施洗和耶稣用圣灵施洗的分别（33节），突显了基督的尊贵。约翰的谦卑与耶稣的尊贵正是本段的中心。约翰施洗的地方，在约但河外的伯大尼和十一章1节的伯大尼是不同的地方。
作者在第29节连续提到数个「次日」，似乎是与耶稣的事奉末期互相照，因为耶稣事奉末期也是记载了连续的次日。施洗约翰称耶稣为「神的羔羊」，是使人惊讶的，因为对当时的听众来说，必定联想到献祭的羔羊。若不用犹太人熟悉的这个观念，相信他们很难了解「神的羔羊」的概念。其实，要犹太人将羔羊的观念转移到人身上才是真正的困难。很难想象当代的人会联想到以赛亚书五十三章，但我们不排除施洗约翰有这个联想。此外，他很可能不明白「除去世人罪孽」的真正意义，或许他所想到的是审判，而非牺牲。即或如此，我们却没有理由怀疑耶稣确实体会这句话的意义，就是按着出埃及记二十九章38至46节及以赛亚书五十三章4至12节的意义来体会。当然，作者本身必定完全领会羔羊牺牲的意义。有些人对「除去」的意思有争议。如果用以赛亚书五十三章作为经文背景，那么代赎的意思是呼之欲出的。不过，反对的人却认为由于逾越节的羔羊不是赎罪祭，因此不可能有除去罪恶的意思。然而，我们不用严格地按着逾越节的意义去了解约翰的声言。就作者来说，耶稣的羔羊身份是祂事奉的关键，因为在本福音书中，耶稣的事奉是由此开始的。此时，虽本书没有记载，耶稣已经接受了约翰的洗礼（参32节）。施洗约翰在此的声明宣告了耶稣事奉的普世意义。
由于施洗约翰后来表示怀疑耶稣弥赛亚的身分，因此有些学者认为约翰不可能说出第29节那段话。他们认为把耶稣比喻作神的羔羊是作者本身对耶稣的体验，及至后来将这意思写进耶稣的生平。不过，本福音书的内容确实让读者发现基督为人成就了许多事情。至于施洗约翰后来对耶稣的疑惑，并不足以表示约翰当时已经十分肯定耶稣的身分，况且约翰对耶稣的肯定也不影响羔羊的比喻。
第30节复述第15节，目的在于联系序言及再次强调耶稣的超越性。当约翰称说他不认识耶稣，那必然是指他不晓得耶稣就是那位「以后要来」的。在本福音书中，「犹太人」和「以色列人」是清楚区别的，提及后者多是语带友善的。
第32节「看见」有「确信」的意思。这里有关圣灵降临在耶稣身上的记载与符类福音是不同的；约翰亲眼看见圣灵仿佛鸽子降下，而符类福音所记载看见圣灵的只有耶稣一人。鸽子可能代表了温良的性情，或是证明圣灵降临的具体形象。圣灵降临在耶稣身上与在五旬节显现的情景，有显著的分别（参徒二2-3）。显而易见的是，这两次的降临都是特别为了见证耶稣的使命。约翰曾经领受了特别的启示（33节），能够认定耶稣就是「用圣灵施洗的」。圣灵的洗礼和水的洗礼是不同的，且具更崇高的价值。第34节呼应了序言所说的，耶稣就是神的儿子，这也正是本福音书的写作目的：「要叫你们信耶稣是神的儿子」（参二十31）。
约翰在第36节再次提及「神的羔羊」，意味着那两个选择跟随耶稣的门徒，实在是领会了约翰所要传达的重要信息。约翰说这话并不是鼓励门徒离开他，但从这句话，我们可以看出约翰了解自己作为耶稣先锋的任务和使命。两位门徒中，我们只知道其中一位的名字，相信另外一位就是使徒约翰。
第37节「跟从」原是中性的用法，到后来才有完全委身奉献作门徒的意思。门徒对耶稣的回答及「拉比」的称呼显示他们是认真跟随耶稣的。「拉比」的称呼表示门徒对耶稣的敬重，而非指耶稣曾经接受过拉比学校的训练。
在第39节提及「申正」，使人觉得十分奇怪。若约翰按着犹太人普遍使用的算法，那时应已是傍晚时分，意味门徒与耶稣同住直到这日的结束。
安得烈跟随耶稣之后的第一件事情就是「先」找来他的兄弟西门彼得，这表示他已经把握了跟随耶稣的宝贵意义。除此之外，我们也在另外两处经文看见有关安得烈的记述（参六8，十二22）。
第40节为了方便非犹太读者理解其意义，约翰将弥赛亚的翻译写出来。希伯来文的「弥赛亚」和希腊文的「基督」，它们字根的意思是「受膏者」。在旧约时代，只有在膏立君王时才使用此词的意思；在新约圣经有更广阔的含义，是指耶稣被膏立为先知、祭司和君王。由于符类福音记载彼得在该撒利亚腓立比才宣认耶稣是基督，因此有人认为这里的宣告和符类福音的记载有矛盾的地方。其实门徒此时只有最笼统的弥赛亚观念。
第42节的记述其实已经强调了耶稣师徒3人的关系。同时，在时间上的描述也显出二者的不同。在本书西门是在开始事奉的时候称为彼得，而在马太福音十六章18节则在彼得宣认耶稣是基督后，才肯定的。值得留意的是，耶稣在约翰的记载中是使用将来时态来称呼彼得，很可能便是预指该撒利亚腓立比的事件。彼得和矶法都是「盘石」的意思，可能意味耶稣要为西门塑造盘石般的性格。
据经文记载，至少已有3位门徒跟随了耶稣。约翰在开始论及耶稣的事奉时，首先提及另外两位门徒。耶稣主动呼召腓力，后来又有数处提到有关腓力的事情（六5，十二21，十四8），腓力似乎是一个非常务实的人。虽然腓力、安得烈和彼得都是伯赛大人，他们却来到迦百农定居（可一21、29）。当腓力见到拿但业的时候，立刻向他作见证并带他到耶稣面前。既然本福音书的主题之一是见证，因此彼得和拿但业信主的经历很值得我们留意。个人的见证在带领人成为耶稣的门徒，实在是非常有效的方法之一。腓力和安得烈见证耶稣的话是不相同的，安德烈没有提及「弥赛亚」的身分，却说是「摩西在律法上所写的，和众先知所记的那一位」。其实两者均是一样的。当拿但业听说耶稣是拿撒勒人的时候，他的态度轻蔑起来。当时，拿撒勒的声名不是太好，而拿撒勒人拒绝耶稣（路四14-30）的态度也是一个证明。
耶稣和拿但业的对话有深刻的启发意义。第一，耶稣对拿但业有很高的评价（47节）。当耶稣说「这是个真以色列人，他心里是没有诡诈的」的时候，极可能他正想到雅各布的故事，这可从51节得知一二。第二，便是拿但业好发问的性格，「你从哪里知道我呢？」，拿但业感到疑惑，因为他从未见过耶稣。第三，我们发现耶稣有预知的能力，以致拿但业对祂佩服得五体投地。我们无从知道究竟拿但业在无花果树下做了甚么，但拿但业已意识到耶稣那非比寻常的能力。拿但业的响应也非常有意义，他不单认识耶稣是「拉比」，祂也是「神的儿子」以及「以色列的王」。虽然拿但业对耶稣只有初步的认识，他却已经把握了耶稣是神的儿子这真理。约翰再次重申序言，强调耶稣是神的儿子，进而带出耶稣事奉的核心。
第50节「更大的事」是指属灵异象的显明（51节）。神的使者上去下来使人想起雅各布梦中所见的异象（创二十八12）。这话的含义在于天国已经为世人敞开了，天国的代表耶稣以人子的称号来到人间。值得我们留意的，是「人子」的称号取代了拿但业所说「神的儿子」，由此可见，耶稣的人性和神性是同等重要。
本福音书记载了许多个神迹，将水变酒是第一个。约翰往往会紧接着表征之后，便论述一个相关的主题。这些神迹显然是本福音书结构的重要部分。耶稣行了水变酒的神迹后，约翰特别提及基督的荣耀被彰显了，从而奠下理解后来神迹的基础。值得留意的是水变酒及紧接的神迹（四54）也是在加利利的迦拿发生的。从约翰施洗的地方到迦拿大约需要3天的路程。
第1节所说的第三日很值得我们留意，因为对照第一章所论述的日子，迦拿的神迹很可能在耶稣开始事奉的第七日发生。约翰很可能正在回顾耶稣第一个星期所行的事迹。
第3-4节从耶稣和母亲马利亚的对话中可看出，马利亚关注的是婚宴主人因酒尽而出现的尴尬场面；而耶稣所关注的则是祂的首要任务，所以祂提到「时候」。耶稣的「时候」这主题从此贯穿整本福音书，而耶稣的受难过程为其最高峰（参七30，八20，十二23、27，十三1，十七1）。耶稣回答母亲的方式似乎令人感到大惑不解，祂的目的正是要人们知道祂只会听从天父的吩咐而不会听从任何人（参五30，八29）。或许，读者必须想象耶稣乃是从迦拿婚宴透视将来弥赛亚羔羊的婚宴，如此读者方能体会马利亚和耶稣之对话的意义。耶稣也区别了神和人对时间的不同理解。这些话暗示了即将来临的危机和高潮。虽然读者必须到后来才能够完全体会这事件的意义，约翰却借着如此写法，让读者得着些微的提示。
第6节既然是「洁净」用的，「六口石缸」显然有象征意义。有些人强调用象征意义去了解整件事，而毌须讲究其真实性，这个解释认为故事乃说明基督教比犹太教优越。按象征意义来看，水代表律法，而酒代表福音。但比较适切的理解是：这是一个隐藏着寓意的婚礼。也许它真的意指将来耶稣要在羔羊的婚礼上款待信徒；实际上，耶稣也及时供应了新郎迫切的需要。这些石缸的容量超过100加仑（450公升）。这里没有清楚指出是否所有水都变成酒，抑或只是那些舀了出来的水。新郎的责任是确保筵席上的酒食充足；而「管筵席的」或许只是赴筵的宾客之一，这可能就是他不知酒从何而来的原因（9节）。按照风俗习惯，首先捧给宾客喝的是好品质的酒。经文暗示这样的做法是先让宾客喝醉之后，再喝较差的酒也无从分辨了。这里的重点是要我们看见耶稣所提供的乃是最好品质的酒，这显然是弥赛亚羔羊筵席的先兆。约翰在结束此事件之前，特别强调这是耶稣所行的头一个「记号」（sign，和合本：「神迹」，11节）。值得留意的是符类福音形容这类事件时，多用神迹（wonders）和大能的事，而约翰则多用「记号」。记号多会带出更丰富深刻的意义。这个记号的深层意义是要显出耶稣的荣耀来，而门徒比其它在场的人看见在这记号中更丰富的内容。不少后世的基督徒理解经文的灵意为：在基督里如醇酒般的新生命，远胜过如水般的旧生命。我们需要凭着信心来体认耶稣的荣耀。
第12节是两件事件的连接句。耶稣在加利利传道工作时选择了居住在迦百农。他在那里住了不过数天，显示逾越节已经近了。约翰提及「犹太人的逾越节」会使人觉得这是为了与基督教节日区别。其实这说法是为了让读者理解耶稣到耶路撒冷去，是为了参加犹太人的逾越节。从圣殿（外院）把牛羊赶出，有其象征的意义。动物压根儿就不该出现在圣殿里，使圣殿成了买卖的场所，是配受耶稣严厉的遣责的。鞭子是用来赶使动物走出圣殿而不是要惩罚牠们。由于犹太人需要兑换推罗银币来缴交圣殿税，所以圣殿里就出现兑换银钱的人。兑换银钱本身并没有错，只是商人时常抬高兑换价来欺侮剥削兑换银钱的人。
由于符类福音在耶稣事奉的末期才记述洁净圣殿一事，因此耶稣洁净圣殿的次数成为争论点。一般认为，约翰是为了其象征意义而将这事提前记述；但是，若说两次洁净圣殿之事相隔了两三年，也有可能。这里刻意论到的时间也显示这样的可能性。无论如何，约翰显然更加关怀耶稣事工的深层意义，以致安排这些数据来突显其意义；今次的要点乃是，耶稣扫除犹太教的陋习。
第17节门徒要到后来才能够联想到这事已经在旧约的诗篇第六十九篇9节提过了。
第18节所提及的「神迹」与第11节的是不同的。犹太人所求的是蔚为奇观的神迹。他们根本不明白第19节的意思，其实连门徒也是到后来才明白。耶稣明显地把自己比喻作圣殿，且是一种新的殿。当时的圣殿已修葺了46年，但尚需36年才能完成。需时46年才能建造，与3日形成强烈的对比，相信犹太人必能意识到不能按字面意思去理解耶稣的话。
第21节「身体」指的是人的身体，暗指耶稣死后3天复活，这样理解较为合理。有些释经家指「身体」比喻作教会被提，但这并不符合3天的记载，而教会也不是被拆毁后才被提的。后来在耶稣受审时，有几个人用这句话来作假见证（参可十四58）。
第22节门徒到后来「就想起他说过这话」，也就「信了圣经和耶稣所说的」。约翰把圣经和耶稣的话并列，但似乎是多处经文的联想多于指具体的一段经文。
本章末的重点是神迹与信心的关系，正是约翰在二十章30至31节所描述的写作目的。
第24节指出人的信心不足，而耶稣也知道万人，不会依赖这些见证。
第25节指出耶稣有看透人心的预知能力，为与尼哥底母谈道一事作引言。
尼哥底母是犹太人的官，使此段对话变得格外重要。他极可能熟习犹太教教导而能够理解耶稣的讲论。虽然约翰轻视法利赛人，在这里他介绍一位认真寻求耶稣的法利赛人。我们无法知晓他「夜里」来见耶稣的原因，也许是为了避人耳目。这也许只是约翰形容时间的偶笔；又或是要带出尼哥底母的属灵光景。
第2节尼哥底母说的第一句话与第二章23至25节的话是互相联接的。他看见耶稣所行的神迹而继续发出更多问题。然而，尼哥底母只是将耶稣当作一位神所差遣的拉比而已。虽然他对耶稣的认识不深，无论如何他总算已经有一个好的开始了。
第3节耶稣并没有回答尼哥底母心底的问题。我们可用两个角度去看「人若不重生」此句话，第一是指从母腹重生，第二则是从属灵角度看生命的重生。尼哥底母很自然地以人的角度去思想，拒绝接受从母腹再生的可能。但事实上，耶稣所指的是与别不同的重生，是属灵的重生。这理解比初期教父的解释更合理，后者根据第5节，看这句是指洗礼。
符类福音比约翰福音更多使用「神的国」一词。「神的国」与神的主权有关。「见神的国」和第5节「进神的国」似乎与约翰常说的永生同义。第4节尼哥底母的问题：「岂能再进母腹生出来么？」，可看出他按字面意思解释耶稣的话而产生混淆，他也拒绝接受要重生才能进神的国度，更显出他的怀疑。
第5节耶稣一再强调：「人若不是从水和圣灵生的，就不能进神的国」的道理。一直以来，学者对这几节经文的解释均有很大的争议。部分学者指出从「水」生是指洗礼；虽然此段经文没有明示，但学者相信尼哥底母会认为是施洗约翰所施行的悔改的洗礼。另外有些学者则认为是指基督教的洗礼，而尼哥底母不可能知道基督教洗礼，故此这话一定是约翰在后来写作时加上去的，为的是让当代人明白真理。可是，若耶稣的话是对尼哥底母有意义的，我们就必须把「水」和「灵」一并与3节的重生联起来解读。旧约经常用水和圣灵来说明神洁净人的工作（参结三十六25-27）。在这段经文里可看出，尼哥底母所听到的是人必须有重生的属灵经才能认识神的国。
第6节「灵」所指的到底是圣灵，还是与礼仪洁净作对比的属灵经历，便曾引起争议。对尼哥底母来说，也许属灵经历会来得更加贴切；但是从后来继续谈论圣灵一事看来，约翰要读者理解的应为圣灵。从肉身与灵的对比写法看来，灵指的应该是圣灵，「肉身」指的是人性，借着人性无法生下神的儿女。借着圣灵而生的人，必须经过彻底的改变，以带来新的开始。耶稣的重点乃是生命的性质取决于生命的根源。
可惜今世的人已把「重生」二字的意义贬低了。它被用来形容一些极端分子，甚或是形容一些重新包装的旧概念或是新款式汽车！若我们容让基督教的中心信仰被这些轻视的说法所破坏，那将是一件憾事。
第7节强调重生的重要，人不用作任何选择。用风形容圣灵的工作有画龙点睛之妙，因为「风」和灵于希腊文是同属一字。耶稣所表达的是人虽然没法知道风和圣灵的来源，它们所带来的果效却是有目共睹的。当然，我们现今对风的来龙去脉已经加深了认识，但当时根本不懂预测风的来源。这里要传递的意思乃指神的灵独立自主的运作。这和一章13节的内容是互相联系的。
耶稣十分期望尼哥底母会明白祂的意思，但从他怀疑不信的提问（11节），可见他他未能了解耶稣话里的真义，耶稣因而用了较严厉的话：「……还不明白这事么？」。
第11节「我们」有很多人对这词有很多不同的解释。若「我们」是指耶稣和门徒似乎不大可能，因他们对耶稣仍然了解不深。若是指圣父和圣灵则可能性最高，但尼哥底母是否明白则仍是疑问。另一可能是耶稣正在响应尼哥底母在第2节的提问，藉「我们」与「你们」的对比，来突显犹太人不信耶稣的话。
第12节「地上的事」指的必定是那些耶稣已经宣讲过的事，因此必定包括了重生的教导，这些事情是发生在地上的；而「天上的事」指的是将来天国降临的启示。
第13节可能是指耶稣降生而到后来会升天的事。由于天国是耶稣的家，因此他具有足够的权威来论述天国的事。乍看之下，第14节似乎和第13节没有清楚的关联。摩西在旷野举蛇是犹太人家喻户晓的故事，表明神赐生命予祂的子民；更加深远的意义却是十字架上的被悬挂，就是人子在地上最重要的工作。
第15节「人子也必照样被高举起来」显示若要信者得永生，耶稣被钉在十字架是无可避免的。就清楚有力的突显了这点。
本福音书作者通常会在写作过程中区别他和耶稣两者所说的话，在此他却不如此做。
第11-16节明显是约翰所说的话。第16节言简意赅地表达了3个永恒的真理：神的爱是给世上每一个人的；基督为人牺牲以及成就永生的价值。无怪乎学者都把三章16节喻为「一言以蔽之的福音描绘」。「得永生」的动词是现在时态，意指「永生」是历世历代的人也可拥有的恩典。新约充满了对普世的爱的记载，但这节经文对犹太人来说，或许是很难接受的，因为他们多认为神只爱以色列。「世界」（新国际译本；和合本：「世人」）意指需要神怜悯的整个世界，第17节耶稣来是为了拯救而不为审判。事实上，这个世界根本配受神的审判，若不接受耶稣，就更难逃过神的审判了。
第18节世人是否选择相信神的儿子成为区分信和不信之人的试点。接受神的儿子的论述，与二十章30至31节本书的写作目的，有十分密切的关系。
第19-21节再次回应了本书的序言（一5），论到光和暗的对比。那些活在黑暗中的人「所做的尽是罪恶」，意味着他们存心行神眼中看为恶的事。这解释了为何这些人憎恨光，因为光会显露出他们内心的真实情况（20节）。这和那些「行真理的人」，成了强烈的对比，因为这里形容他们是活在光中，要显明他所行的是靠神而行。第21节可以有两方面的解释：一是可以看见的生活内容；另一是亲近光的原因，而以前者比较符合文理。第19-21节的主要意义在于鼓励人们要相信耶稣。
这段经文可以分为3部分。施洗约翰为耶稣作的见证（三22-30）；本书作者为耶稣事工所作的论述（三31-36）；以及法利赛人的反应和耶稣决定离开犹太的记述（四1-3）。
约翰将注意力转移到施洗约翰和耶稣二者的事奉上。他没有告诉读者这段记载和前段之间相隔了多久，但他提到两人事奉的地点。虽然耶稣已经在犹太，他却从耶路撒冷往周围的地方去。可见耶稣和施洗约翰二人在同一地区为人施洗（23节）。约翰的门徒和「一个犹太人」的辩论引发起约翰和门徒的对话。这位无名的犹太人渴望区别约翰的洗礼和犹太人的洁净礼仪。约翰的洗礼要人先有悔改的心，符类福音也记载耶稣按着同一要求为人施洗。可见，他们所施行的洗礼和犹太人的洁净礼仪是不一样的。若研究约翰的门徒引起争论的原因，这极有可能是耶稣的成功使他们心里不期然地生出了嫉妒的心理。
约翰在第27-30节回答们徒的问题。他首先申明一个关于真理的原则，人只能接受而不能自创。他随后将这原则运用到自己身上，他重提过去曾说的话，指出自己并非基督，神只派遣他做开路先锋，他十分愿意处于较为卑微的地位。第29节新郎的比喻清楚显明他的心意。新郎的「朋友」就是伴郎，协助安排犹太人婚礼的各样细节。耶稣的教导中也常有新郎的比喻（参太二十二1-14，二十五1-13）。使徒们也喜欢使用此比喻（林后十一2；弗五22-24；启二十一2、9，二十二17）。施洗约翰再次强调耶稣的超越性，正如他在第一章所言一般。不单是约翰要逐渐衰微，他所代表旧的传统亦是如此。第三章的最后这段可以说是总结为何耶稣要兴旺。有几个指标让我们看见祂的超越性：
第一、祂「从天上来的，是在万有之上（31节）。祂必须和其它属乎地的分别开来。我们不能以地上的标准来衡量祂。因此，祂与施洗约翰是截然不同的。
第二、祂的见证建基于个人的经验（32节）。
第三、虽然有些人拒绝了祂的见证，但接受的人却能因此而「证明神是真的。」（33节）。
第四、神会赐圣灵给祂所差来的人（34节）。旧约的先知是按着他们的使命得圣灵不同程度的能力，耶稣得圣灵却是没有限制的，更加突显了耶稣作为神的儿子的身分。
第五、耶稣使命的印记，就是天父爱祂及把万有交托给祂（35节）。从天父给予祂的托付就可见一斑了（参五22，十二49，十七2、24）。
第36节约翰总结了整章的教训，人面对的考验就是是否相信，这和拒绝耶稣成了强烈的对比。神的「震怒」是神圣洁属性的彰显，而非一种非人格化的机械性反应。人只有借着信心方能逃避神的震怒。「得见永生」（参和合本小字）就是亲身经历了生命；神震怒的结果就是人无法经历真实的生命。
四章1至3联系了前后两段的记载。有关施洗约翰的讨论，带来法利赛人对耶稣及约翰二人洗礼的回应。他们能够容让约翰施洗，但是当受耶稣施洗的人数逐渐增加的时候，他们就不由得提高了警惕。耶稣把事奉的工场从犹太地转移到加利利。第2节括号内的插句是为了澄清法利赛人所听见关于耶稣施洗的事情，其实耶稣本没有亲自施洗。
从犹太至加利利共有两条道路。较长的路线就是绕过约旦东部外邦人的城市；另一较短的路就是经过撒玛利亚的境内，虽然犹太人和撒玛利亚人彼此心存敌意，但大家均选择此路线。第4节指出耶稣因着某些需要而必须走过撒玛利亚人的地方。约翰或许暗示耶稣这正是神的旨意的成分。大多数人都同意叙加就是今日的阿斯卡（Askar），靠近古代的示剑。那里还有一口很深的井，据传统说法那是雅各布挖的井。因此从第12节不难看出这井对撒玛利亚人的重要性。
第6节说道耶稣累了，一方面这给了耶稣和撒玛利亚妇人对话的机会，另一方面也显示出耶稣的人性。午正就是中午时分，也就是最热的时候。
妇人独自去打水是极不寻常的事情。她可能是遭社会遗弃的人。
第8节约翰特别记下当时门徒并没有在耶稣身边，以突显耶稣和妇人的谈话。耶稣的行为突破了犹太人的两种禁忌，就是不和撒玛利亚人和女人交谈。
第9节那女人说的话更特别强调种族间的歧视。耶稣必然预料到她的困惑和迷惘，并以此作为进深交谈的途径。
第10节耶稣的交谈，是从人身体需要水喝而引入神的恩赐这属灵的话题上。妇人以为耶稣是个典型的犹太人，而耶稣就以此作为谈话的起点。如果她真的认识祂的身分，她就必然会向祂求「活水」了。「活水」可以理解为流动的水，如泉水；另一方面可以理解为属灵的水，这就与圣灵拉上了关系。拉比们比喻律法书为活水。
第11节显示妇人是从人性的层面思想。对她来说，耶稣没有打水的器具，却说可喝活水，是一件十分愚蠢的事情。她的思想无法超越一个取水的桶。与挖井的雅各布比较，耶稣真是不外如是。既然是从这两方面来思想，她无法想象竟然还有人比他们所崇敬的雅各布更加伟大（就如犹太人无法想象竟然有人比亚伯拉罕更加伟大一样，可参八53）。耶稣赐的水是生命的活水，而雅各布的井水只能暂时解人的渴（13节）。旧约里有不少以水来比喻作神的应许（参赛十二3；结三十六25-27）。水和灵的联系其实也是旧约的概念（参赛四十四3）。与六章63节对照之下，第14节所论的永生是明显与圣灵的工作有关系。
这和尼哥底母事件有相似之处，那就是耶稣借着他们的误解而引入更加深入的探讨。
第15节显示妇人依旧停留在字面上的意义，她憧憬着源源不绝的水源，可减轻她每日来打水的辛劳。她还未了解耶稣话里的属灵意义。
耶稣第16节把握住给予妇人清晰的回答，要指出她道德上的问题，因她还未体会到她最贴身的需要，没有丈夫是正确的，但她隐瞒了与一个男人同居的事实。
第18节耶稣于此显示出祂能看透人心（参二25），妇人也开始留意。犹太人禁止一个妇人有3个以上的丈夫，与男人同居则是宗教所禁止的。因此，这女人无论是在道德或是属灵方面均有极大的需要。在此事上，我们可以看见耶稣温和的态度（17-18节）。
第19节当她说耶稣是「先知」的时候，她或许认为耶稣得到神的启示，可见她对耶稣又有进一步的认识。
第20节妇人论到敬拜的地方，好像是故意岔开令她难受的话题；可能因她察觉耶稣是犹太人的先知，以致她要提到敬拜地点的问题，以表示她知道犹太人和撒玛利亚人的歧见。传统上敬拜和圣所有极大关连。撒玛利亚人过去曾在基利心山上建了一所圣殿，与耶路撒冷的圣殿抗衡。后来，圣所虽然已经被约翰许尔堪（John Hyrcanus）破坏了，撒玛利亚人却依旧在此山上敬拜神。我们无法得知妇人对这事的关心程度，但她似乎觉得这是值得谈论的课题。
第21节耶稣藉妇人的回复，带出比争论敬拜地点更具深刻意义的问题。
第22节祂把讨论的重点转移到敬拜对象的问题上。虽然在耶路撒冷和在基利心山上敬拜神并非关键所在，但犹太人在认识神方面的确比撒玛利亚人更占优。由于撒玛利亚人只看摩西五经，所以他们缺少了犹太人从其它旧约书卷中所得有关神的启示。当耶稣说「救恩是从犹太人出来的」，祂并不是说所有的犹太人也会得救，而是说借着犹太人，我们都得了圣经所启示的救恩。「你们所拜的」和「我们所拜的」指的是敬拜的精义，而不只是那受敬拜的对象。
第23节耶稣先说「时候将到」，接着更重申「如今就是了」，指出耶稣的使命就是要更新人的敬拜方式。敬拜应该超越一切种族和地点的藩篱，达到「用心灵和诚实拜父」的境界。
这里主要重点在于第24节所提及的灵。「神是个灵」和神是光或神是爱，均是十分相似的描述，帮助我们更加认识神。犹太人对于「神是个灵」这观念并不陌生，但是他们尚未理解敬拜者与受敬拜者（神）之间必须合一。耶稣的教导是敬拜者必须有受敬拜者（神）的部分属灵素质和生命特征。将心灵和诚实结合，是真实敬拜的关键所在。神希望能与敬拜者达到心灵上的相通（23节）。也许这些谈论只会令到这妇人更加困惑不解。虽然她提到了「弥赛亚」，然而她究竟如何了解其意义，则不得而知了；因为撒玛利亚人是从来不使用这称呼的。或许是因为她正和一位犹太人谈话，所以她选用了犹太人的用语。值得肯定的是，撒玛利亚人正在等待一位先知（申十八15-19），来为他们显明真理，妇人的谈话内容正显明这点。耶稣把握机会向她表明自己就是他们所期待的弥赛亚。祂之所以向撒玛利亚人而非向犹太人表示身分，是因为犹太人对弥赛亚的想法与祂到来的使命无法吻合。
门徒们买食物回来之后，妇人也就同时往城里去（28节）。约翰提到门徒因为耶稣和妇人谈话而感到惊讶，充分反映了犹太人的成见（27节）。犹太拉比是不能够随意在街上和妇人谈话的，他们认为这样会影响他们学习律法。门徒当中无人愿意开口问耶稣，显示他们因为耶稣的行为而感到非常尴尬。反观该妇人，她反而抛下顾忌，匆忙地告诉别人有关耶稣的事情。她对耶稣的认识是短暂及有限的。从她自问就可见一班了，「莫非这就是基督么？」，反映出她内心尚未完全肯定耶稣的宣告（26节），因为这自问也可以理解为「祂不可能是基督吧？」不过，由于耶稣知道她的生平，所以她还是兴致勃勃的要更多认识耶稣。
第31-34节让读者看见当人只留意字面意义的时候，他们将无法领会属灵的真理。门徒所关心的是物质的食物，而耶稣却已转向谈论属灵的课题。第33节当耶稣说有食物吃时，他们便认为是有人已经给祂食物吃了。在此耶稣并非贬低食物的重要性，祂最关心的就是遵行父的旨意，作成父的工，这是耶稣基督经常提及的使命。耶稣借着庄稼的比喻来形容完成神的旨意和工作（34-35节）。
第35节耶稣为甚么说「还有四个月」呢？我们发现耶稣可能用农物收割仍需等待4个月，但现在他们立即便可收割属灵的果子。耶稣请门徒「举目向田观看」时，祂可能已看见种在撒玛利亚妇人心中的福音种子，已经成熟可以收割了。属灵收割可引人到永生，后者是本书的重要主题之一。
第36-39节提及的撒种和收割似乎相差一段时间，但第35节的却没有；由此我们可见，在属灵的事工上，撒种后要多久才能收割，是我们不能预测的（参摩九13所用的比喻）。第38节为此段记载作一总结。门徒所收割的是前人的工作。传福音的果子并不是一人的功劳，乃是撒种和收割的人共同努力的成果。「别人」可能是指旧约的众位先知（约翰是最后一位），他们为耶稣预备道路。
约翰艾萨克玛利亚人相信耶稣作为本段的结束。他们对耶稣的相信可说是分成两个阶段。许多人因为妇人的见证而信了耶稣，但有更多人是因为亲自听见了耶稣的话而相信。妇人的见证只是她个人的经历，但在撒玛利亚人亲身接触耶稣后，他们的信心得着坚固（参42节）。撒玛利亚人求身为犹太人的耶稣住下，是一件非比寻常的事。由此可知，他们已清楚知道耶稣是「救世主」，而不单是犹太人的救主。不过，我们无法确实知道他们如何理解救恩，对今世的人来说，他们的理解可能十分肤浅；但我们相信耶稣曾和他们分享救赎的使命。这里所提到世人的救主的称号在约翰一书四章14节里也有提起。不过当代人也把这样的称号用在丢斯，甚至是罗马皇帝哈德良身上。约翰指的却是跨越种族藩篱的救恩。
第43节约翰主要记载耶路撒冷发生的事迹，而在加利利发生的事情，很少记载；但这些事情均有重要的意义，就如耶稣在加利利所行的头两个神迹和五饼二鱼的事迹，但大部分神迹均在犹太省发生。第44节第44节约翰提及耶稣知道「先知在本地是没有人尊敬的」。很多人对「本地」一词的意思产生争议，符类福音所指的拿撒勒，而约翰所指的应是有别于撒玛利亚的犹太地区。
第45节约翰在这里强调撒玛利亚人因耶稣是救主而接待祂，但加利利是因看见耶稣所行的神迹而相信。也有人认为「本地」是指不大愿意接待耶稣的耶路撒冷居民，约翰或许以加利利人接待主来与之对照。
我们相信加利利人大多因耶稣所行的神迹而相信，他们看见耶稣于逾越节在耶路撒冷过节时所行的神迹便相信（参二23）。
耶稣的第一个和第二个神迹也是在加利利的迦拿行的。
第46节「大臣」无疑是希律安提帕的臣子，虽然希律安提帕并不是真正的王，但是他一向以来均被称为分封的王。这事迹和医治百夫长的仆人有许多相似的地方（太八5-10；路七2-10），但是它们之间也有不少差异，使我们不至于混淆。最重要的差异在于父亲的官职不同，而蒙医治的是儿子而非仆人。
第47节显示父亲因孩子的病而感到焦虑。不过，耶稣的反应却令人感到意外。
第48节的回答似乎是针对所有加利利人。他们接待耶稣是基于神迹而完全没有信心。
第50节耶稣保证他的儿子不致于死，大臣相信耶稣的话，就回去了。最初这可能只是求神迹的信念，但加上了信心后，神迹便立即出现了。约翰提到儿子蒙医治的时刻正是耶稣给予保证的那一刻（52节），这就将大臣及他一家都带进更深的信心层面了。或许我们可以将这事件和使徒行传一些得救的事迹比较（例如徒十2，十一14，十六15、31，十八8）。
第52节「未时」相当于下午一时正。
第1节约翰没有说明是甚么节期，假如这个「犹太人的一个节期」是逾越节，耶稣的事奉生涯便会超逾3年了。约翰曾重点记载了耶稣事奉中的几个节期，记载这个节期是为了让我们知道耶稣身处耶路撒冷。
第2节在城的东北部曾挖掘出一个池，它似乎就是这个靠近羊门的池子。这池子或许有好几个名字，不过「毕士大」是最准确的名字。考古学家已经证实有这「五个廊子」，为那些等待池水医治的人们提供了宽广的地方。古卷所记载的文字（参和合本的小字）并未得到证实，新国际译本便正确地将此段删去。
第7节指出这可能是泉水，故有搅动的现象。第5节约翰提及在这里已行乞38年的一个病人。第6节「知道」其它人把此事告诉耶稣。「你要痊愈吗？」这问题使病人感到惊讶，但他仍然没有信心。第7节病人仍然想依靠第一个下到池水便能得医治的传说，似乎把耶稣的问题置诸不理。
第8节当耶稣对他说：「起来，拿你的褥子走罢」，他立刻痊愈，就拿起褥子走了。
犹太人质难耶稣的不是医病，而是在安息日治病的问题。他们认为病人拿起褥子就是作工，触犯了安息日不可工作的规定。根据米示拿（Mishnah），椅子类的东西只可当有人躺在上面才可搬运。故此，该病人犯了规矩，但从第16-18节来看，他们把一切的罪都归咎到耶稣身上。犹太人与病人的讨论突显他们的问题：病人是愚昧无知的，他不知道医治他的是谁；犹太人的执迷，他们所关心的只是律法的规定。由此我们可看出耶稣对病人的怜悯和对犹太人的置诸不理。
第13节提及「耶稣已经躲开了」。
第14节「你已经痊愈了，不要再犯罪」我们不知道这句是否指这病人因犯罪而得病。即使是如此，也不代表所有的病是因罪而起的。耶稣或许在暗示属灵的瘫痪远比肉身的瘫痪来得可怕。此话所用的是现在时态，有「不要继续犯罪」的意思。病人既然知道犹太人对耶稣的敌意，仍然跑往通知他们，可见他并不记念耶稣的恩典，反而惯性地顺服在高位的。
第16节因为耶稣在安息日治病，所以「犹太人逼迫耶稣」，他们对耶稣的仇视开始加剧了。
第17节此事引发耶稣说出祂和天父的关系，并证实天父所作的事。在耶稣心目中，治病是神圣的工作，不受人的规条所限制。天父和耶稣的工作是紧密地联系在一起的，这就是耶稣工作的使命。对犹太人来说，自称与神同等，比犯安息日更加严重，因为这样便威胁到他们一神论的信念。
今天，人们对于神医的辩论多着重于它的证据，而不注重医治能力的来源。其实，耶稣当时的犹太人和现今的传媒都有一共同点，就是避重就轻不讨论主要的问题，而选择次要的课题。
第19-23节犹太人听见耶稣自称与神同等后，便愈发想要杀他。耶稣于是回答他们，祂一开始便说：「我实实在在的告诉你们」，看出祂的话是真实和重要的（参24节）。耶稣自称为「子」。祂和「父」有紧密的关系。耶稣从4方面阐述祂们的关系。首先，父怎样做，子就会照样做（19节）；第二，父将自己所作的一切指给子看（20节）；第三，子和父一样，有叫死人复活的能力（21节）；最后，父把审判的事全交给子（23节）。把这些阐述按此顺序排列，有两个主要目的：第一，「叫他们希奇」（20节）；第二，叫世人尊敬子如同尊敬父（23节）。第23节可帮助人不会以耶稣为超级巨星来尊崇祂，而去认识耶稣就是神的儿子。第20节提及「父爱子」，是父把一切启示子的基础。
在旧约和拉比文学里，曾有像第21节所说「父……叫死人起来」的描述，这里所指的基本上是肉身的复活，但也有灵性的复活的意味。第25节「听见的人就要活了」是指现今灵里死去的得生命，而第28至29节所指的是末世的情景。关键在于天父和耶稣均有赐予人生命的权柄。但第22节与三章17节并没有冲突。三章17节所指的，是耶稣并不是为了审判而到世间来，而祂本身是有权柄审判的。
第24-29节这段经文里，提到听见然后相信的重要，这些人可得着永远的生命。「永生」可理解为从死亡里复活的意思，与死亡是截然不同的，这是父差子来到世间的目的和耶稣教导的重点。当耶稣提及复活时，祂自称为「神儿子」；而论及审判时，则自称为「人子」。与「神儿子」不同，「人子」这称号在希腊文本里是没有前置词的，目的是突出耶稣是人。审判是由一位熟知人心的耶稣所施行的。
第28节提及的「时候」与第25节的是不同的，所指的是末世时的复活。
第29节行善的和作恶的同样会复活，但行善的信徒可等候盼望永远的生命，而作恶的，即非信徒只可等待定罪的时刻。
第30节耶稣审判的旨意是与差祂来的天父相同的。紧接的第31至47节则讲述耶稣的见证。
第31-32节耶稣与天父的心意完全契合，祂不用为自己作见证。假若祂必须与天父分开才能作见证的话，则这些见证必定是假的。这段经文和第八章14节的记载没有矛盾，因祂独自作的见证并不会与天父的不同。第32节「另有一位给我作见证」所指的是神为祂作的见证。
施洗约翰的见证有重大的意义，但并不完备，他是点着的明灯，使人被光所吸引，归向耶稣，但他并不是那光。所有为耶稣作见证的人都希望世人知道，信靠耶稣是得救的唯一途径。
第36节耶稣所作的事就是祂的见证，这是父所喜悦的。祂所作的比约翰所说的更重要。
第37节虽然父已为耶稣作过见证，但人们没有听见祂的声音。因为人没有祂的道存在心里。
第39节犹太人虽然没有相信耶稣的话，但他们重视圣经，十分努力地研读律法的态度，已是众所周知的。不过，他们认为这样做已能让他们得着救恩，所以拒绝接受圣经给耶稣作的见证。第40节
第40节「然而你们不肯到我这里来得生命」，语调十分强烈，相当于说犹太人在属灵里已死了。
第41节耶稣从不接受人的见证及从人而来的赞赏与荣耀。祂的事工似乎未得到人的允许，但犹太人忘记了耶稣的事工是由神亲自委托的。
第42节「神的爱」可指人对神的爱或是神对人的爱；从上文下理来看，我们可知这是指犹太人没有爱神的心，他们不理会从神而来的荣耀，专心追求从人而来的荣耀（44节），这就与保罗在罗马书二章29节所提及的「真犹太人」成了强烈的对比。耶稣提及当摩西在末世时告诉犹太人，必会引起他们很大的反应，他们向来尊崇摩西的律法。虽然律法书对弥赛亚的记载不是太多，但它的总纲其实就是要为弥赛亚预备道路，这也是摩西所强调的。不过，犹太人经常忽略这重要的教导，只顾努力钻研，却不愿相信。要看似虔诚的犹太人明白这个分别，实在有点困难，只有把问题清楚地提出来，他们才有机会去反省和认识耶稣。
只有这个神迹，是4卷音书也有记载的，在此我们会提出一些约翰特有的记载。
第1节「提比哩亚海」在耶稣当代，加利利海还没有此别名，要到作者的年代才有。
第2节众人看见耶稣治病的神迹便相信了，这是引人相信的神迹。
第3节耶稣渡过湖的东边上了山，这座山应是现代的哥兰高地。
第4节约翰提及犹太人的逾越节近了，这与后来第51节讨论「生命的粮」紧密呼应。符类福音记载是门徒提出食物的问题，而约翰福音里则是主耶稣亲自询问的，并且清楚提及两位门徒腓力和安得烈的名字。
第6节其实耶稣心里知道当怎样做，只是要试验腓力。
第7节腓力于是运用精于算术的头脑，使耶稣知道他们没有足够的金钱，这可说是非常自然且合情合理的想法。
第8-9节安得烈提出只有5个饼和两条鱼仍然不足够。他们都从表面环境去看这问题，却不看透神的心意。
第11节四卷福音均记载耶稣祝谢了饼和鱼，然后分给众人。约翰在这里所使用的动词和符类福音记载最后晚餐时所用的相同（约翰福音没有记载最后晚餐）。
第12节「他们吃饱了」是实质进食而得的，并不只是象征意义。
第13节「十二个篮子」有些人认为这暗喻神对以色列十二支派的供应；但综观上下文，这似乎是为了证明神有丰富的恩典。
第14节约翰把此事称为神迹，群众则由此看出耶稣是那位「要到世间来的先知」──即申命记十九章15节的那一位，也有一些人用弥赛亚预言来看此段经文。
第15节只有约翰福音提及「众人要来强逼祂作王」，而马太福音和马可福音便有耶稣催赶门徒上船的记载。其实，我们相信众人并不是认真地认识耶稣是弥赛亚的身分，他们关心的只是耶稣为他们所提供的食物。
约翰没有把耶稣履海这事形容为神迹。马太福音和马可福音均把此事与耶稣喂饱五千人的事一并记载，可见它在基督教传统里的重要。不过，约翰并没有为此事作任何注释，因此我们只好推论他记载此事是为了显示门徒对耶稣的依赖。门徒乘船从东边渡到西边，而就喂饱五千人神迹的讨论也是此发生的。
第19节提及门徒离岸约有「十里多」后「看见耶稣在海面上走」，应该只有亲眼目睹此事的人才能指出这么准确的资料。有些人认为其实耶稣只是在岸上行走，但我们相信这是不可能的，因为只有看见在海面上行走的耶稣，才会令门徒感到害怕。
第20节「是我，不要怕」不可和其它「我是」讲论混为一谈，此处只不过是指出耶稣到他们中间，使门徒不用再害怕。
第21节可解释为船已十分接近目的地。
第23-24节「然而有几只小船从提比哩亚」指出到迦百农听耶稣讲论的人数，约翰也提醒读者这些讨论是与耶稣喂饱五千人的事迹有关。
第25节众人对耶稣怎样到达湖的另一边，都感到十分困惑，可知他们仍然以人的角度去看耶稣。耶稣的回复可带领众人进入属灵的深处。
第26节耶稣直言群众只关心食物的问题，根本看不出神行神迹的真正意义；因此，耶稣提醒他们应该追求永生。
第27节「人子是神所印证的」得神的印证才能作神的工作。耶稣是神的代表，称为「人子」是要显出耶稣的人性。耶稣并不是叫我们不要工作，而是叫我们不要只为生活餬口而工作，也要思想属灵的事。
第28节指出群众希望藉作工而得益处，但耶稣则提醒他们：「信神所差来的，这就是作神的工」，信心比工作更加重要。第30节第30节群众的提问反映出他们肤浅的思想，他们所求的只是类似五饼二鱼的神迹。
第31节「我们的祖宗在旷野吃过吗哪」反映了他们的思想，认为耶稣的供应微不足道，而期待比赐吗哪更大的神迹，换句话说，弥赛亚必须超越摩西才能令他们相信。
第32节「从天上来的粮」很可能是取自诗篇七十八篇24节的。耶稣继而进入主题，指出赐生命的粮不是摩西，而是神亲自赐予的。
第33节吗哪只是暂时给予以色列人的，但神会赐生命给世界。
第34节「常将这粮赐给我们」指出群众还未超越物质的层面。耶稣随即宣告祂是生命的粮。
第35节记述了耶稣第一个自称。
第35-51节就是讲述耶稣是「生命的粮」的道理。直接针对群众要求肉身食物，耶稣要让他们知道祂所说的是属灵的天粮而非肉身的食物。「生命的粮」是使人得生命的天粮，只有那些相信耶稣的人才能享受。第36节群众根本缺乏这种信心。人没有信心便得不着生命的粮，这是基督能力的不足吗？第37节指出人是否相信最终是掌握在父的手中。「到我这里来」强调这是绝对个人的决定。「我总不丢弃他」是耶稣对相信祂的人所发出的保证。第38-39节清楚显示天父与耶稣的心意是绝对一致的。「叫我一个也不失落」表明了父所赐予的，子必定得到。「他所赐给我的」有「全部」的意义，显示父把所有的给了耶稣。第40节第二次出现「末日」一词，显示耶稣所想望的是一切完满的日子。
犹太人讨论因着耶稣宣称自己就是「从天上降下来的粮」开始热烈起来，因为他们认为耶稣出身寒微，根本配不上「生命的粮」的宣称。第43节耶稣没有直接回答他们的质疑，只是责备他们私下议论：第44节祂也提到是天父吸引人，实际上他是责备众人已经远离了天父。他们需要属灵的启示才能明白耶稣的话。第45节耶稣引用以赛亚书五十四章13节论及神国度里得胜的仆人，再次重申是天父吸引人。第46节只有耶稣见过神，我们惟有借着祂才能得神的启示。第47节耶稣呼应三章15节所说的，重申只有相信的人才有永生。
第48节耶稣重复祂的自称「我就是生命的粮」。
第49-50节「从天上降下来的粮」叫人得生命；而吃吗哪的，最终也会死去。第51节这是一节十分重要的经文，耶稣把此粮说为祂自己的肉；这是主所赐的，而不是天父所赐的。「肉」所指的是耶稣作为人的生命。犹太人完全误解了这话（52节）。「肉」这个字和最后晚餐所用「身体」一词不同，显示我们应以此段经文来理解主餐的经文，而非用后者来诠释这一段经文。
第53-58节由于犹太人完全从字面上去理解耶稣的话，因此耶稣必须进一步解释给他们明白。犹太人无法领会耶稣话里的象征意义。他们抗拒的态度不单是嘲笑且是轻蔑轻看的。他们缺乏领会属灵教导的「信心」。第53节吃喝耶稣的肉和血明显的就是信心的作为，所指的是耶稣将来的牺牲代死。吃和喝耶稣的肉和血充分描绘了世人对祂的完全倚靠。第56-57节清楚阐明了借着吃喝耶稣的肉和血，使人常在耶稣里面，耶稣也可常在我们里面。耶稣在信徒里面表示祂认同他们，而信徒住在耶稣里面则表示他们必须无时无刻的依靠祂。耶稣再一次用吗哪和天粮的比较来结束此段经文。第58节实际上复述了第49节的意思。
第59节约翰在整个讨论结束时才说明发生的地点。讨论是因五饼二鱼的神迹而引起的，因此我们无法明确地指出哪一部分讨论是在迦百农会堂里进行的。约翰觉得这是不太重要的事。不过当时，有些会堂容许人在敬拜礼仪当中讨论。故此，讨论有可能全部是在会堂里进行。
第60-61节「门徒」并不是指十二位门徒，指的是很多追随耶稣，听祂讲道的群众。他们并不完全地相信，觉得耶稣所说的「这话甚难」，是没有人能够明白的。第61节耶稣知道他们心中对「人子的肉」这讲论的困惑，便继续教导他们。
第62节耶稣更指人子在受难死亡后，便要「升到他原来所在之处」，这事将令他们更加困惑。
第63节耶稣响应第62节升天的谈论，指出「肉体是无益」的。约翰在一章14节已指耶稣是「道成了肉身」，可见耶稣并非眨低自己的肉身价值，祂说「肉体是无益的」是为了使门徒懂得从属灵的角度去思考问题，由物质层面的理解转向属灵的层面。
第64节再次显示耶稣看透人心的能力，祂从起头就知道，谁不信祂，谁要卖祂。
第65节耶稣再次强调没有天父的恩赐，没有人能到耶稣那里去。
第66-71节「退去的」门徒与那十二个门徒表现了截然不同的反应。以彼得为首的12位门徒表达他们对耶稣的确信。第68节门徒把耶稣平日的教导总括为「永生之道」。第69节在他们心目中，耶稣是特别的人物，祂是「神的圣者」。此节经文有其它异本，但传统的译法非常特别，故此可信性甚高。在马太福音一章24节及路加福音四章34节，「神的圣者」是污鬼对耶稣的称呼，而第69节彼得的认信比马太福音十六章16节的认信仍有距离。「我们」应不包括那位要出卖耶稣的人。第70节耶稣指出他们中间有一个是魔鬼，但这里没有记载门徒的反应。第71节指出要出卖耶稣的门徒正是犹大。
这段经文记载了当时耶稣和家人及犹太人的关系。
第1节耶稣意识到犹太人的恶意及想杀祂的阴谋，约翰提及此事是为了解释耶稣迟迟不上犹太去过节的原因。
第3节「住棚节」是一个极受大众欢迎的节期，这就如耶稣的兄弟所说，是接触各界人士以扬名立万的好时机。他们或许听见有一些门徒离开耶稣的消息（六66）。但是，其实耶稣的兄弟兄尚未领会耶稣使命的实际意义。耶稣并非要成为众目所注的名人。对祂而言，这世界和祂的兄弟一样，未必会相信祂。
第6节耶稣的答复显示祂的时间和行程，是世人无法了解的。对祂的兄弟来说，随时都可以吸引人。这里的「时候」，指的是时机，和第二章4节所说的「时候」稍有不同。
第7节似乎进一步责备兄弟所说的「世人」，他们不知道世人与耶稣对抗，他们所作的是恶事。
第8节「现在不上去」有译本作「暂时不上去（not yet）」。后者的改动可能乃要避免尴尬，因为耶稣之后的确往耶路撒冷去。从第10节可知，耶稣没有否认祂会上耶路撒冷，祂只是不愿依照祂的兄弟的意思去做，后来，他确实有上耶路撒冷去。
第10节耶稣在一片猜测的气氛下，上耶路撒冷去过节。
第11-12节犹太人都在议论耶稣的行踪及祂的行事为人。耶稣是「好人」还是「迷惑众人」的争论，显示群众都爱按己意去作武断的结论。群众都不敢公开地议论耶稣，是因害怕犹太人；而耶稣不愿公开地去过节是为了依照天父的旨意行事；正因如此，耶稣十分愿意上殿里去。
第15节犹太人认为耶稣没有接受过正统的训练，却能有这样权威的教导，使他们感到十分惊讶。
第16节耶稣指出祂的教导不是祂自己的，而是源自天父的，人若立志遵守祂的旨意，便能明白。
第18节不求自己的荣耀，只求神的荣耀，这些人的心是真的。
第19节耶稣提及摩西及律法。「你们却没有一个人守律法」耶稣是说他们虽然谨守律法，却不明白其中的意义。耶稣并不是为了指出他们谨守律法的宗教状况，而是要指出他们违背「不可杀人」的诫命（出二十13）而心怀杀害耶稣的企图。
第20节犹太人为求摆脱此项指控，便诬蔑耶稣「是被鬼附着了」。
第21-23节耶稣回答他们时，指出他们用双重标准去解释律法：他们一方面在安息日给人行割礼，另一方面却指责耶稣在安息日治病。虽然在安息日行割礼本来是违背了律法上不可作工的规定，但他们以行割礼能使婴孩完全来批准实行它。耶稣指出，医治也是使人完全的工作。
第24节耶稣批评他们断定是非的标准，认为他们没有按公平断定是非。
第25-26节经过有关「安息日」的讨论后，引起了群众对耶稣是否「基督」的疑问。群众眼见犹太人官长等没有任何行动，他们心中生了疑问：「难道官长真知道这是基督么？」第27节第27节他们认为「基督来的时候，没有人知道他从那里来」的言下之意，一般人认为弥赛亚是秘密地出现的，但耶稣却明明地在殿里讲道，且高声地回答群众的疑问，耶稣指出他们对祂的认识十分片面，他们不知道祂从哪里来，也不知道祂是奉差遣而来的。
第28节他们不认识那位差耶稣来的天父，也不了解神和耶稣的工作关系。
第30节约翰在此强调没有任何力量可阻挠神作工的时间，他知道耶稣的「时候还没有到」。
第31节听过耶稣的回复后，群众当中有人仍然敌挡耶稣，有些则开始相信。「他所行的神迹，岂能比这人所行的更多么？」群众并非比以前更加明白耶稣的神迹的意义，他们只是喜欢把神迹与弥赛亚连上关系。
第32节法利赛人和祭司长落实他们杀害耶稣的计划，就打发差役去捉拿耶稣。约翰记述此事可能暗示他们曾开一个秘密会议，但他没有立即交代差役能否捉拿耶稣，直到第45节才披露有关的结果。
第33-34节约翰集中记述耶稣因此事而有的讲论。耶稣心中想着上十字架的路及神托付给祂的使命；群众不明白祂荣耀的使命。约翰福音经常提及人单从字面意思去理解耶稣的话。我们可以理解犹太人的大惑不解，因他们没有领会属灵知识的心思。他们想起「散住希利尼中的犹太人」。讽刺地，约翰在十二章20至22节记述有些希利尼人求见耶稣，可见福音得以在外邦人世界中传扬。
在住棚节的最后一天，犹太人会举行祈雨的仪式，祈求次年有充足的雨水，耶稣在此背景下讲述「圣灵」的教导。
第37节耶稣要为人提供比祈雨更好的方法，「人若渴了」可能引自以赛亚书五十五章1节我们要用属灵的角度才能理解「渴」的观念。
第38节耶稣要把活水赐给那些相信祂的人。此节经文的出处很难考究，可能出自以赛亚书五十八章11节、以西结书四十七章1节或撒迦利亚书十四章8节。「从他腹中流出」所指的是基督还是信徒？耶稣用「活水」来喻作「圣灵」，所以我们不能说从人身上涌出「圣灵」，只有从耶稣身上才能显出圣灵来。在哥林多前书十章4节也有相似的记载，指出耶稣基督是盘石，从其中流出「灵水」来。
第39节指出「圣灵」要在耶稣受死复活升天以后才降临（约翰称之为「得荣耀」）。但群众要直等到圣灵在他们心中，才能明白耶稣的教导。
第41节群众接着开始争论耶稣的身分问题，有的说是先知，有的说是基督；也有的不相信耶稣就是基督的，他们认为基督是从加利利出来的。不过，他们似乎不知道耶稣在伯利恒出生的事实（参弥五2）。
第43-44节「其中有人要捉拿祂」这是本章里第三次提及有人要捉拿耶稣。
第45节约翰在这里才承接上文，交代差役往捉拿耶稣的结果。
第46节差役回来报告「从来没有像他这样说话的」，当时的差役均为受过训练且思考能力极高的利末人，他们发出如此惊叹的评语，可知耶稣的讲论对他们有极大的影响力，使他们害怕捉拿耶稣会激起群众的不满。
第47-49节揭示法利赛人对差役和群众的轻蔑。
第50-51节在第三章论及的尼哥底母为耶稣申辩，指出法利赛人在没有听取犯人的表白前便定罪，是大大地违背律法的真正精神。
第52节从法利赛人诋毁尼哥底母也是出于加利利时的态度，可知耶路撒冷的宗教领袖对加利利乡下人的轻蔑。
多数学者都认为此段记述不应放在约翰福音的这部分。早期的手抄本大多省略此段，或是加上星号以质疑其可靠性。有些手抄本则把此部分放在约翰福音的最后或放在路加福音十一章38节之后。也有早期抄本证实此段经文的真确性，我们也因此无理由否定此段经文。
第2节耶稣正在圣殿里教训人。
第3-6节文士和法利赛人故意在群众面前质难耶稣，要设下害耶稣的圈套。他们急不及待地把此宗罪恶昭彰的奸淫罪带到耶稣前，看祂用摩西的律法如何判决。此提问的症结在于要试验耶稣对摩西律法的态度。假若耶稣谴责此女人而高举摩西律法，文士和法利赛人则会指责祂私自作出判法；而宽容此女人的罪也会受到文士和法利赛人的谴责。
第7节耶稣没有依据律法作任何判决，只把指控带到他们面前。耶稣说：「你们中间谁是没有罪的，谁就可以先拿石头打他」，祂要群众凭良心来判断此事，也把此事从法律上的争议转变为道德上的问题。
第9节故事的高潮就是群众从老到少都离开了。我们不去争论耶稣在地上画了甚么字，但耶稣本身已能令群众感到极大的压力，最后只剩下耶稣和妇
人。
第11节「我也不定你的罪，去罢，从此不要再犯罪了」这句话显示了耶稣的怜悯及坚定的命令。耶稣并不是宽容奸淫的罪。要做到既秉持公义又不失怜悯，并不是容易的事，现今教会应学效耶稣的榜样去处理信徒的问题。
第12节承接七章12节的记载，耶稣从住相棚节的纪念仪式中，引伸出「世界的光」的比喻。在序言里也有「光」与「生命」紧密联系的论说（参一4-5、9-10）。「我是世界的光」是耶稣一个重要的「我是」讲论，显露出「光」的人格化性质。犹太人在住棚节时会在女院点燃大型的灯台以记念神用火柱引领以色列人的历史。耶稣用行走在黑暗中来解释「世界的光」的比喻，人在黑暗中若没有光的引导，便找不着方向；但跟从耶稣的，必不在黑暗里走。约翰很喜欢用走路的形象来阐释真理。
第13节法利赛人不满耶稣极具权威的语调，便指祂的见证不真实。耶稣在第五章也曾提及「见证」的重要，现在反复重申这主题并驳斥法利赛人的指控。
第14-15节我们需考虑见证依据的基准来衡量其真实性。耶稣指出法利赛人不知道祂的来处，他们只下了极肤浅的结论。耶稣说：「我却不判断人」可指祂的使命并不是判断人，也可指祂不会像法利赛人般以外貌判断人。根据16节，后者的意思较有可能。耶稣不是独自作判断的，乃是天父与祂同在，符合法利赛人律法里「两个人的见证是真的」规定。「你们的律法」：耶稣并不是要与律法划清界线，而是使用他们熟悉的原则来讨论。从耶稣和天父的共同见证，可看出祂们之间不可分割的亲密关系。
第19节「你的父在哪里？」法利赛人的问题，可看出他们不认识耶稣的使命，也混淆了地上的父亲和天上的父亲的观念。故此，他们不认为「天父」是可以验证耶稣的见证，推断耶稣的见证并不真实。法利赛人问的是「你的父在哪里」而不是「谁是你的父」，耶稣却告诉他们谁是祂的父。「你们不认识我」指出法利赛人完全不认识天父和耶稣，而耶稣本身则是让人认识天父的唯一途径。
第20节解释当时耶稣和法利赛人谈话的地点。「殿里的库房」应该在女院里，是一个供群众聚会的地方。约翰要从神学的角度去解释为何耶稣没有被捕，因为「他的时候还没有到」。约翰曾多次指出人不能阻止耶稣的事奉，因为神在耶稣身上有祂独特的计划与时间（参七44）。
第21节「我要去了」耶稣曾在七章34节时表示祂将要离去，同样地，这宣告使听见的人都感到惊讶。「你们要死在罪中」看似与前句没有太大的关联，其实「罪」（单数）这字指的是拒绝承认弥赛亚的罪，这罪使人不能承受得赎的生命，所以「你们要找我」所指的应是属灵上的追寻。「我所去的地方，你们不能到」这句话与后来耶稣在十三章33节里对门徒说的话相似。
第22节众人因耶稣说要离去而猜测祂要「自尽」。
第23-24节耶稣重申群众与祂的不同，群众的思想模式是属地的，而耶稣的则是属天的。
第24节藉「你们若不信我是」这句话，耶稣把自己完全启示出来，亦同时表明，最重要的是人的信心。希腊原文只作「我是」，与神在旧约时的自述十分相似（参出三14），这显示出弥赛亚是自有永有的。耶稣希望人对祂有完全透彻的了解（八58有更清楚的解释）。「你是谁？」这句话显示出群众完全不明白耶稣的话。认识基督的位格是基督教信仰的重要部分。「就是我从起初所告诉你们的」可能有「我是我所告诉你们的我」（I am what I am telling you）的意思，再次强调「我是」的主题。
第26节耶稣没有回答这条问题便转到「判断」的问题上，提醒他们必要死在罪中。耶稣重申差祂来的是真实的，所以祂的见证也是真实的；祂也把一切从父那里听到的传给世人。
第27节这是人不明白耶稣的话的典型例子。
第28节「你们举起人子以后」是一个令人难以明白的回答。这似乎是指耶稣将要被钉在十字架上：耶稣要透过在十字架上牺牲，叫人认识神，约翰称这个为得荣耀的过程（参十二23），由此可看出耶稣的事奉已得着天父权威的印证。
第29节耶稣重申天父和祂有密切的关系，表面上看来与耶稣钉十字架时所说神离弃祂的话自相矛盾（参太二十七46，可十五34），但事实并非如此，耶稣在此阐释和神之间持久不变的关系，而十架上所经历的只是短暂的分离。「因为我常作祂所喜悦的事」指出父和耶稣的合一，第30节有很多人听了耶稣的教导就相信，听而相信神的儿子正是本福音的写作目的（参二十31）。
第31-32节信耶稣的人必须遵守耶稣的教导，才能进入真理里。当时信耶稣的犹太人已有基本的认信，但仍未达致完全相信的阶段。真理与自由有极重要的关系。真理里没有束缚。
第33节法利赛人不觉得他们需要自由，所以感到十分困惑。犹太人要求别人严守繁杂的条文，使别人感到极大的束缚，但他们却懵然不知。第33节犹太人指出他们是亚伯拉罕的后裔，从来没有作过奴仆。
第34节「我实实在在的告诉你们」耶稣要强调他们是罪的奴仆，以突显自由的宝贵。「所有犯罪的，就是罪的奴仆」亚伯拉罕的后裔也是罪的奴仆。
第35节奴仆和「天父的儿子」的分别，在于他们所领受的权利，为奴仆的需负罪担而神的儿子得享自由。
第36节「你们就真自由了」显示只有借着子才有真自由。
第37节耶稣重提他们是亚伯拉罕的子孙却想要杀害宣讲神话语的人。这话的重点是犹太人所重视的血统关系，其实与道德操守和与神的关系无关。「你们心里容不下我的道」：原来亚伯拉罕的子孙应接受神的道，但他们的心灵封闭。第44节耶稣更加清楚地指出天父和「你们的父」的强烈对照。
第39节犹太人仍然因后裔可承接亚伯拉罕的果效而感到满足。耶稣指出此观念的基本错误。真正的后裔应能学效先祖的行为，而不是单单是种族身分上的继承。亚伯拉罕的子孙也应行神看为好的事，而不应意图杀害耶稣。
第41节「你们是行你们父所行的事」重申他们的父与天父不同，犹太人因耶稣质疑他们的身分而感到气愤，所以便提出他们「只有一位父就是神」的响应。「我们不是从淫乱生的」有些人认为是在诋毁耶稣的出生，但综观上下文，犹太人似乎因耶稣指他们不是亚伯拉罕的后裔，而申辩他们并非不洁的子孙。
第42节「你们就必爱我」耶稣指出亚伯拉罕的后裔及神的儿女必定爱耶稣。神真正的儿女不会不爱神的儿子。耶稣要犹太人紧记祂的使命是从神而来的。
第43节他们心怀偏见，听不进耶稣的话。
第44节耶稣指出这是因为他们的父亲是魔鬼，这指控具有深远的意义。耶稣的思路是逐层递进的，首先魔鬼是杀人的，而犹太人想要杀耶稣，因此魔鬼是犹太人的父亲。「他从起初是杀人的，不守真理，因他心里没有真理，他说谎是出于自己……也是说谎之人的父」，这部分概括了魔鬼的形象，而最重要的特征就是「不守真理」。
第45-46节「我既然将真理告诉你们，为甚么不信我呢？」耶稣所说的是「真理」，人若不相信耶稣所说的，就是倾向相信错误的道理。
第47节耶稣在这里指出出于神的人必会听神的话，然而犹太人不愿意听，他们就不是出于神的了。总括来说，耶稣比犹太人更加清楚他们的属灵状况。
本章的最后一段集中讨论耶稣的自我宣告以及敌挡耶稣的力量。
第48节耶稣受到双重的指控，犹太人既说他是撒玛利亚人又是被鬼附的，表现了他们对耶稣的极度轻蔑。他们憎恨耶稣就如憎恨撒玛利亚人一般。耶稣曾说他们是魔鬼的儿子，犹太人于是反过来指耶稣是被鬼附着的。
第50节耶稣回答他们被鬼附的人不晓得荣耀天父，更指出天父会就此事来定是非的，神是耶稣一切言行的根据。
第51节「人若遵行我的道，就永远不见死」所指的应该是不用经历死亡的恐怖滋味的意思，等于能够得到耶稣应许赐予信徒的永生。反对耶稣的人再次误解了祂的意思，他们以为耶稣所论的是肉身的死亡（52节），他们认为连亚伯拉罕和众先知这样伟大的人也要死，证明耶稣的谈论并不合理。他们将耶稣所说的「不见死」改成「不尝死味」，显示他们把耶稣的话理解为肉身的死。
第53节「难道你比我们的祖宗亚伯拉罕还大吗？」，显示犹太人认为耶稣所说的话是不可能的。他们觉得先知比耶稣来得更加伟大。接着下来是另一个问题：「你将自己当作甚么人呢？」
第54节耶稣回答他们：祂不荣耀自己，这是天父的工作。
第55节耶稣又在此重提祂和天父的特殊关系和认识。
第56节「你们的祖宗亚伯拉罕欢欢喜喜的仰望我的日子」是一句非常的话。犹太人质疑这事在何时发生。我们可尝试用异象的角度去研究。犹太人的一个传统说，亚伯拉罕认识弥赛亚要来的隐秘事。有些人则认为此话是指亚伯拉罕因着艾萨克的诞生欢乐（创十七17）。这是可能的解释，尤其是艾萨克的诞生是使万国万民得着所应许的祝福（参保罗在罗马书四章及加拉太书三章类似的诠释）。这应许最终在基督里实现。「既看见了，就快乐」似乎指向亚伯拉罕因着信心而有的远瞻，也有些人解释为献艾萨克一事。你还没有五十岁，岂见过亚伯拉罕呢？
第57节犹太人的反问完全歪曲了耶稣的意思。耶稣斩钉截铁地回答他们：「我实实在在地告诉你们，还没有亚伯拉罕，就有了我（I am）」，指的就是祂自有永有的先存性。这个「我是」宣称绝对等于自称是神，这也正是犹太人的理解（59节）。就这，样耶稣奇妙地说明祂比亚伯拉罕更加伟大，第59节对自称比亚伯拉罕更伟大，甚至是自有永有，犹太人别无选择，惟有拿石头去打他。「耶稣却躲藏」：约翰在此没有交代耶稣怎样藏起来，但这又提醒我们，耶稣的时候还未到，仍掌握在神的手中。
耶稣在八章12节及九章5节分别宣告祂就是世界的光使本章与第八章有紧密的联系。约翰记载了耶稣使瞎子重见光明的例子，让我们真实地体会耶稣就是光。其它福音书均有记载耶稣医治瞎子的事迹，但是约翰却着重记载医治瞎子之后所引起的议论，其重点就是要我们更加认识耶稣。
单从此段经文，我们不知道此事在何时发生，估计应在住棚节和修殿节之间（参十22）。
第1节有一个生来是瞎眼的人，引起耶稣、门徒和法利赛人之间的讨论，这个特别的情况使人把「罪」和「苦难」的问题连在一起来研究。门徒假设是他本身或是他的父母犯了罪，他才会生来瞎眼的，当代的神学理论也有类似的见解，部分拉比便曾教导这可能是人出生前所犯的罪的结果。耶稣没有直接回答「是谁犯了罪？」这个问题，却集中讨论荣耀神。神可透过人的苦难显出祂的作为来，这已是基督徒面对困难时所认同的，但这并不是容易理解的观念。医治生来瞎眼的人使我们认识神无论在肉身上或在属灵上，均可照亮人的生命。
第4节耶稣并不是要让门徒医治那位瞎子，而是呼召他们与祂一起同工，趁着白日，为神作工。「白日」与「黑夜」所阐释的是象征意义，有些人认为是用来比喻犹太人的不信加剧；也有人认为是代表耶稣的工作快要结束了，相信后者的解释较为合理。
第5节耶稣所指的是祂在地上的生活。马可福音七章33节及八章23节也有耶稣用唾沬来治瞎眼的记载，只不过那两处都是把唾沫直接涂在病人的眼睛上，而在这里则用唾沬和了泥才抹在眼睛上。当时代的人均认为唾液对眼病有医治的功能，耶稣便用众人认许的方法，但是并没有附加任何迷信的意味，而事实上那瞎子是按着耶稣的吩咐到西罗亚池去洗，他才得医治的。我们不知道为何约翰特别注明西罗亚是奉差遣的意思，或许是要配合耶稣奉差遣者的角色，或许是为了方便希腊文读者，而把希伯来文的意思也写出来（参一42）。
第7节耶稣并不是立即把瞎子治好，这或许是要试验瞎子的信心。
第8-12节约翰把瞎子与邻居之间的交谈描写得非常生动，清楚地道出瞎子以往的生活，他自己对耶稣肤浅的认识和他确实得蒙医治的过程。
第13节我们不知道是谁把瞎子带到法利赛人面前，这可能是他的邻居或是那些与耶稣为敌的人。
第14节约翰告诉我们耶稣是在安息日医治瞎子的，反对耶稣的都是那些严守律法的。虽然是出于怜悯而用唾沫和泥来医治瞎子，但只是「和泥」这个动作，便足够法利赛人指控耶稣，所以他们极之渴望知道耶稣是用甚么方法去医治瞎子的。
第16节法利赛人像邻居一般，对耶稣的身分起了争议。有的认为耶稣不守安息日，祂不是从神来的；也有的因看见耶稣在瞎子身所行的神迹，知道罪人不能作神迹而确定其它法利赛人的判断是错误的。
第17节瞎子在这里认为耶稣是先知，看出他对耶稣比以前（参11节）有进一步的认识。
第18-23节记载了不肯相信的人的冥顽不灵。犹太人不信那人的话，也不相信他生来就是瞎眼的。要那人的父母作证他是否生来瞎眼，并不是为了公平公正的查出证据，而是为了证明证实耶稣没有医治他。父母可以证实他们的儿子是生来瞎眼的，但他们却没有办法去解释这个神迹。第21节「他已经成了人，你们问他罢，他自己必能说。」这句话反映出瞎子的父母害怕被法利赛人驱逐出会堂，而让儿子自行作供，这也是十分合理的做法。第22节「若有认耶稣是基督的，要把他赶出会堂」有些学者认为耶稣在世上的时候，犹太会堂的人应没有禁止别人称耶稣为基督。但当时极有可能有很多传言，指耶稣就是他们所等待的弥赛亚，惜人们要很久以后才知道这个事实。
第24节「你该将荣耀归给神」法利赛人并不是呼吁那从前是瞎眼的人要赞美神的荣耀，这只是犹太人惯常用的誓词，要作供词的人说真话。「这人是个罪人」犹太人认为耶稣触犯了安息日的规定，指证祂有罪。
第25节但那人依据他亲身的经历。他不知道如何判断耶稣是否罪人，但他可以十分肯定的是耶稣已经医治了他。
第26节法利赛人转而追问耶稣医治他的方法事实是不容否认的，但规条则可改变。
第27节从前瞎眼的人感到十分气愤，作了一个十分具讽刺意味的响应。他认为法利赛人如此逼切地要知道耶稣医治的方法，是为了要成为耶稣的门徒。
第28节他们就嘲笑他，还自称为「摩西的门徒」。这是一个比较罕见的描述，由此可看出他们看重摩西过于耶稣，这也是长久以来犹太教和基督教的争议所在。他们不愿意追寻耶稣从哪里来，也不愿承认任何有关祂的见证（29节）。即使是最权威的个人经验，也不足以令他们相信。
显然的，所有有关神迹医治的辩论都值得我们留意思考。而耶稣时代的法利赛人所用的辩论方式和现今一些医学权威所用的方式很相似。
第30-33节那人的回答越来越尖锐化。他的说法无法解释耶稣从哪里来。所以，他采取了以下的一些步骤来说明他的经验：他的眼睛获得医治；他认为神只垂听那些遵行祂旨意的人，而非罪人；既然他是如此坚信医治是源于神，医治他的人必定不是罪人；生来就瞎眼的人得看见，是史无前例的；因此，医治他的人必定是从神而来的。
第34节惯于神学思考的犹太人终于发现他们根本无法反驳他的陈述；他们便狠狠地骂了他一顿，然后把他赶走，或许还将他逐出公会。他们指责他是全然生在罪孽中，也就是指他因犯罪而生来就是瞎眼。他们针对他之前的境况，而不为他得医治而感到喜乐。
在此段叙述结束部分记述了那人和耶稣的对话，耶稣藉此带出信心的宣告，把本章推向高潮。耶稣主动寻找那人，然后立即向他发出信心的挑战，这也是约翰记载神迹的主要目的。耶稣用的是「人子」的自称（新国际译本；和合本译为「神的儿子」）。本书其它地方也记载了人对人子的信心（参三14-15）。我们不知道约翰使用此称号的意义，但是肯定的是那人不明白这称号的意义。
第36节他的回答显示他从前没有见过耶稣。耶稣表示祂就是人子的时候，那人就立刻信了，可见他心中已经有了信心的种子。事实上，整件事的记述呈现了一个逐渐明白以致相信的过程。「主啊，我信！」可能并不能代表他已对耶稣有完全认识，「主」可能是对耶稣礼貌的尊称而已。但是与信心并列的时候，则指向他对耶稣有更深的认识。从他对耶稣的敬拜就更加证实了这点。乍看之下，第39节似乎和三章17节是对立的，但是既然第38节论的是审判，那么我们就应当晓得，审判虽然不是耶稣来的主要目的，却是耶稣降生所带来的结果。耶稣的来临把人带到信心的关键时刻。在被医治的瞎子身上，这关键导致被赶出公会。他敬拜耶稣的动作更是他信心的决定性时刻。
第39节「叫不能看见的，可以看见，能看见的，反瞎了眼」这种相对的命题，是约翰福音的特色之一。「看见」在此具有多重意义。瞎眼的人得着肉身和灵性上的视力。而法利赛人眼睛没瞎便自以为属灵的眼睛也没有瞎，但是他们对耶稣的态度却显示了他们实在是瞎了。就是在这样意味之下，耶稣的降临也同时带来了审判。第40-41节约翰特别提及法利赛人对耶稣缺乏理解。「难道我们也瞎了眼吗？」突显了他们对耶稣的不信。耶稣的回答，「你们若瞎了眼」，可以有两种解释：一为「如果你们真知道自己眼瞎」，意指属灵方面，那么他们必然盼望他们的心眼得开。「就没有罪了」表示他们会对耶稣的救赎敞开、接纳。这样的解释比较「若你们真的瞎眼就没有罪，因为你们看不见」来得合理。耶稣的意思是硬着心蒙蔽心眼是有罪的，这罪就是拒绝神所差来的使者。约翰深深认为这是当代读者所面对的挑战，当然也是我们今天所面对的挑战。
此段记述中的牧人比喻是以寓意（allegory）的体裁写成的，在几方面有属灵教导。虽然和符类福音的记载类似，这里却是更加详细。我们不用过于仔细地去研究细节。
第1-6节此段的重点教导就是如何辨别真牧人和假牧人。牧人的图画是旧约常见的（参耶二十三；结三十四；亚九）。此处的思想受以西结书三十四章的影响最大，该段旧约经文对以色列的牧人大加鞭挞。也许约翰有意联系第九章的主题和牧人的比喻，因而在第1节使用了「我实实在在的告诉你」的字句，指出法利赛人作为恶劣的牧人（从他们对待那生来就瞎眼之人的态度可见）和好牧人的对比。东方人的羊圈只有一个出入口，若只有一群羊，那么牧人便会守在羊圈门口；若有数群羊，那么便会由一位看门的人看守着羊圈的门口。而看门的人必定认识牧人，贼不得不从别处才可进入羊圈。这里并没有区别贼和强盗，「看门的」也没有带着特别意义，他只是比喻里头让牧人进入羊圈的细节描绘。这里的重点是羊和牧人的关系。第4节好真牧人不单认识他的羊，也能够叫出牠们的名字，并且带牠们到青草地去。第5节明显的，羊和陌生人肯定没有这种关系。听的人却不明白这比喻背后的真理。
第7-10节比喻的意象又改变了，在此耶稣将自己比喻为「羊的门」。祂宣告只有祂才能够让人进入羊圈。第8节在解释上有困难，因为如果说在耶稣之前来的人都是贼或强盗，那就明显地抹煞了旧约的记载。有些手抄本因此省略了「在我以先来」的字句，但是它们显然是原稿的字句。最合理的解释应该是，若有人在耶稣以先来，又自称是唯一的道路，那么这人就是假的，也就是指历史上曾出现不少自称为弥赛亚的人，这就与法利赛人所宣称的同样不可信。第9节耶稣更详细地解释祂的宣告，更应许救恩和生命的喂养。
第10节「救恩」和「生命的喂养」便是丰盛生命的内涵。好牧人和假牧人是有显著分别的。耶稣带来生命，假牧人则带来死亡。耶稣带来的丰盛生命是约翰福音的主题之一。
第11-18节另外一个对比则是好牧人和雇工的分别。牧人的首要素质在于他肯为羊舍命。耶稣应许人丰盛生命，现在祂谈到牺牲自己的生命。表面看来这似乎是对羊群不利，但是耶稣却指向更加深刻的属灵真理。第11节祂要人们留意如此心甘情愿的牺牲将为羊群带来好处。牧人的死是一种牺牲。第12节情愿牺牲的牧人和逃跑的雇工突现了耶稣牺牲的真实意义。第13节雇工没有顾念羊的爱心。第14-18节解释了耶稣在第11节所说的话。它强调牧人对羊群的认识，就像父与子之间的认识一样（14-15节），在世上没有比这更亲密的关系，而雇工是毫无地位的。约翰已在3至5节里简单阐述过这种亲密的关系。
第16节引进了另一个思路：不同羊圈里的羊（「另外有羊」）是指外邦人。虽然有不同的羊圈，羊却同属一群，且只有一位牧人。这话见证神的子民虽然有多元种族，但是都在基督里合而为一。第17节「我父爱我」是因为子是好牧羊（接上一节），也可因子把命舍去。但是，我们不能误以为父的爱建基于子的行动，父的爱乃是借着子的行动彰显出来。第17节的下半句显示，耶稣的牺牲舍命并不是终结，复活才是使命的结果，不但强调耶稣甘愿舍命，也彰显出祂生命内涵的权柄。
「犹太人」可能包括了群众和官长。犹太人因耶稣的话而起纷争的例子，可以在七章43节及九章16节看见。耶稣再次被辱骂为被鬼附着的人，这与七章20节及八章48节所描述的情况相似。当时的人喜欢把被鬼附着的和疯了的连上紧密的关系。他们看见耶稣治愈了瞎子，也听过祂智慧教导仍不明白，所以才得出这样的见解。
约翰把节日和事件适当地联系在一起。修殿节首先是于主前164年由犹大马加比（Judas Maccabeus）所设立，由于当时圣殿受到安提阿古伊彼芬尼（Antiochus Epiphanes）所破坏，犹大马加比洁净圣殿后重新献上给神。
第22节「是冬天的时候」说明为何耶稣在殿里所罗门的廊下行走。
第24节「你叫我们犹疑不定到几时呢？」似乎说明犹太人虽然困惑，却并非完全敌对耶稣。耶稣指出祂已透过公开的教导和所行的一切事告诉他们，但他们拒绝相信耶稣所行的神迹。耶稣再次提到牧人的比喻来提醒犹太人，指出他们若真是祂的羊就必已听了祂的话。
第28节祂再一次说明祂和羊群的特殊关系，这些羊群得以进入了永生。「谁也不能从我手里把他们夺去」耶稣也给予他们宝贵的应许。对于那些熟悉羊群面临危险的人，就能够体会这保证的绝对性。
第29节天父的作为进一步增强了这保证。
第30节「我与父原为一」：在耶稣的使命里，父与子的关系是何等密切，因此他们在身分上虽然是分开的，却牵涉了二者于本质上原为一的真理。如此的理解就完全符合了本书一章1节的话了。
第31节敌对耶稣的人决定采取实际的行动──拿石头打祂，来取代言语上的交锋。
第32-33节然而，耶稣继续逼问他们的动机，而他们则继续指控耶稣说「僭妄的话」。他们认为耶稣只是人，但是耶稣的作为却显示祂远超凡人，因此他们的错谬是显而易见的。敌对耶稣的人也在五章18节曾作类似的指控。按着律法的要求（参利二十四16），犯了亵渎罪的人是必须用石头打死的。耶稣在第34节援引律法，由于祂引用诗篇八十二篇6节，因此提及了犹太人圣经的3个部分。在这诗篇里，究竟神是向谁说话呢？关于此说有数种解释：那些失败的以色列领袖；在列国中滥用职权的天使；颁布律法时的以色列人。无论我们采取哪一个解释，这些被称为「神」的，实际上是逊于父所差的那位神的儿子。因此，耶稣是神的儿子，人怎能控告祂亵渎罪呢？
第35节「经上的话是不能废的」，祂所用的字是单数的，同时是特指所引用的那段经文，然而解释整体的经文时，它的原则仍然是一样的。
第36节「分别为圣」是旧约常用来形容某人受委担任特别职务（参十七19类似的用法）。
第37-38节耶稣向犹太人谈论了祂的工作和信心。耶稣一直倚靠天父作工，因此祂可以呼吁人们相信祂。耶稣所作的工作，正是人们可以藉以知道祂和天父之关系的途径。相信耶稣的话远胜于只是相信祂所行的神迹。神迹的神学意义是要让人明白耶稣和天父的关系。理解这意义的人就不会像犹太人般因耶稣于第30节所说的话而跌倒了。耶稣强调不能把天父或耶稣的作为分割来看。
耶稣回到施洗约翰施洗的地方可能具有象征意义。祂公开的传道事工已经接近尾声。
第41-42节重复了约翰曾为耶稣所做的见证，且强调耶稣的事工较约翰的事工更为重要。约但河外有许多人相信耶稣，与耶路撒冷的冷淡反应，形成了强烈的对比。
有些人从两方面反对接受拉撒路死后复活此段记述的真实性。一方面是它的超常性，另一是其它福音书没有记述此事。除非接受没有神迹的说法，不然，以它的超常性来否定此事的真实，是无法成立的。此外，面对耶稣基督复活这事实，拉撒路的复活就不是甚么难以置信的事了。虽然符类福音没有记述此事，路加福音却有记述寡妇儿子复活的事（参路十一25）。有人认为此事是路加福音里财主和拉撒路的延伸发展，但两者除了名字相同外，就没有其它相似之处了。因此，反对此记述的历史可靠性，是无处立锥的。
约翰清楚陈明拉撒路的身分，他就是那位膏耶稣的马利亚的兄弟。约翰在第十二章才交待膏耶稣的细节，或许约翰假设读者熟悉此事，又或是假设他们已多次阅读本福音书。
第3节当约翰记述了姐姐们的请求时，用的「爱」字是，但是在第5节用了语气更加强烈的是「爱」。有些学者因此推论拉撒路就是那位写本福音书的「主所爱的门徒」，并且这位拉撒路也曾与其它门徒一起在那吃最后晚餐的楼房处，但这是不可能的。第4节耶稣说：「这病不至于死」意思是这病的结果不是死亡，而是要使神的儿子得荣耀。这也可以和本书其它的神迹来作比较（参二11，九3）。彰显神的荣耀比疾病要来得更加重要。
耶稣获得消息后与门徒的讨论，引起一个很重要的神学课题。
第6节论到耶稣两天之后才起行，是甚么原因呢？从经文处境来看，耶稣的迟延和祂对这个家庭的爱有关系。祂的迟延不能说是不关怀他们。随着发生的事为我们提供所需的答案，原来耶稣要借着拉撒路的死来荣耀神（4节），以及帮助门徒建立信心（15节）。开始的时候，门徒担心耶稣回去犹太的安危问题。
第8节联系了十章31节，显示第十章与第十一章的密切关系。从十章39节，我们就能理解门徒的挂虑了。他们现在所处的地方是比犹太来得安全些，因此当耶稣延迟行程的时候，门徒都松了一口气，当然他们更加盼望耶稣会取消去犹太的念头。
第9节耶稣所提及的12小时似乎并没有回答第8节的疑问，其关连其实就是外在的环境并不能影响时间的运作。时间是让人们使用的。耶稣的时候还未到（即12小时），祂必须等候神的时候才能行动；当务之急就是继续他的使命。
犹太人和罗马人一样，把白天的时间划分为12小时。每小时不一定是60分钟，它的长短是按照白天的长短来决定的。第9-10节光和暗，以及行走和跌倒等比喻，是藉以对比耶稣执行使命的无误，以及犹太人虽试图却无法阻止。
第11节我们又看见这福音书常出现的情况，就是听耶稣讲论的人，从字面意思来理解耶稣的比喻说法。
第12-13节耶稣把死亡形容为睡觉，是希腊传统和旧约里所惯用的说法。其实门徒之所以误会是因为他们得知拉撒路病了，而不是死亡的消息。对任何病症来说，能够入睡确是好的迹象。当耶稣说要叫醒拉撒路的时候，门徒根本没有想到其实就是叫他从死里复活。第13节紧随着约翰解释门徒为何误会了耶稣的意思后，耶稣接着清楚说明拉撒路其实是死了，所用字词的时态也强调了事情的终结。
第15节乍听之下，耶稣说祂因此而欢喜必定令门徒感到困惑。除了能够叫拉撒路从死里复活之外，耶稣的确有其它的理由可以感到欢喜。诚如本福音书的主题意义一样，约翰指出这事可以增强门徒们的信心。表面看来，耶稣似乎是关注训练十二门徒过于拉撒路姐姐们的需要。耶稣必定是要门徒进深一层来理解他们尚未掌握的信仰。多马虽然于稍后产生疑惑，他此时的反应却不是怀疑，而是一种认命的表现（16节）。
第17-27节记述了耶稣和马大的谈话，也是整个段落最富神学意义的记述。耶稣显然是在伯大尼（参30节）的外郊遇上马大，她告诉耶稣拉撒路已经于4天前去世了（17节）。这话与耶稣已经知道拉撒路的死讯并没有任何冲突（14节）。第18-19节约翰提到伯大尼和耶路撒冷距离不远，是为了解释为何有这么多犹太人来到丧家慰问两位姐姐。马大的反应证实了她确如路加福音十章38至42节所记述，是一位一个忙个不了的人。而留在家里的马利亚也正如路加福音所记述般，是一位沉静爱思考的人。马大所说的话（21节）和马利亚所说的一样（32节），显示了两姊妹对此事持有一致的看法。显然的，她们相信耶稣有医治疾病的能力。而第22节显示马大对耶稣的信心更是超越了医治的层面。马大向耶稣宣告她的信心似乎是为了把握住最后一线希望，就是神必答应耶稣的祈求。第23节「你兄弟必然复活」具有双重的意义。耶稣所说的复活具有深层意义，马大却以为只是末日复活的应许。其实马大无法领会眼前死人能复活的意义是无可厚非的。
此段记述的高潮乃是耶稣在第25节的「我是」讲论（新国际译本：「我是复活，也是生命」；和合本：「复活在我，生命也在我」）。「复活」和「生命」乃同一事物的两种表达。这话的意思就是基督复活要为世人带来最丰盛完全的生命。复活先于生命，因为生命是复活的结果。只有借着信心才能得着生命，耶稣以此来问马大。耶稣不是要求马大对祂有信心，乃是要求她对祂宣告的内容有信心。第27节马大的反应与约翰福音的写作目的（二十31）非常相近，似乎成了约翰福音所要带出的主题。我们无法得知究竟马大对耶稣是神的儿子和弥赛亚的身分有多正确的了解。然而，毫无疑问的，是她所说的话对约翰是非常重要的。信心若是无法对耶稣有如斯理解，是不足够的。
第28-37节描绘了马利亚和那些来慰问两姐妹的犹太人的反应。耶稣要马大去把马利亚叫来（28节）；马利亚立刻就来到了耶稣跟前（29节）；她一见到耶稣就立刻俯伏在祂脚前，重复马大所说过的话；她的眼泪使耶稣感到非常难过，结果祂也哭了（33-35节）。这里所描绘的马利亚比较马大来得更加激动。在场的犹太人使场面变得更加凄凉。这些犹太人随着马利亚来到了坟墓那里，要安慰她（31节）；结果是他们被耶稣的眼泪感动了（36节）；他们心里都在猜想为何耶稣不阻止这样的悲剧发生。第33节「心里悲叹，又甚忧愁」更将整件事情推向高潮。这悲叹和忧愁含有生气、愤怒，甚至是暴怒的意味。有些人对这种反应起了一些争论。有些学者认为这是针对带来死亡和忧伤的罪。对于罪的愤怒或悲叹之情，必定长久以来已在耶稣心中，为何此刻才这样特别描写呢？那么，这愤怒或是悲叹之情是否引发自耶稣对两姊妹的怜悯呢？但我们发现当中所使用之动词似乎超过了这样的情理范围。或者是耶稣因犹太人不真诚的悲伤而愤怒。这可能性是存在的，因为任何虚假的表现都是耶稣所恨恶的。耶稣的反应如此激烈，极有可能的是人间的苦难悲情使耶稣感到难过，因为祂晓得自己苦难之杯已经临近了。祂灵里的悲伤是由内心发出的。也许是祂的预知使祂为着那些即使看见拉撒路复活也仍会拒绝相信祂的人感到悲伤。第37节犹太人的问题把第九章的瞎子蒙医治和此事联系一起。这些人接受病人可以不死，却无法想象看见一个死人从死里复活。
此复活神迹的记述虽然简单及有所保留，但有关的细节已经充分将真理表达出来了。
第40节耶稣说「我不是对你说过」是针对门徒说的，而非马大。不过，此话也是间接回答了马大。不然，这些话就纯然是向门徒说的，而非给予马大的答复了。
第41-42节耶稣的祷告具有相当重要的意义，因为它强调了祂使命里的信心成分。从约翰只是简单地交代拉撒路从坟墓里出来，可见此段叙述已略为简短了。
约翰让我们看见对此神迹的几种不同反应。有些人相信了（45节）；有些人跑去报告法利赛人（46节）；法利赛人在公会里讨论如何治死耶稣（47-53节）；而耶稣本身则退到旷野去了。一个如此惊天动地的神迹也无法让那些硬心不信的人改变心意。公会里的人都集中讨论神迹，他们的挂虑是恐怕人人都要信耶稣。
第47节「我们怎么办呢？」是设问的修辞，显示他们的束手无策，他们恐怕罗马人争夺土地，他们是基于政治动机来讨论人们相信耶稣的事。「地土」可指圣殿或是京城，「百姓」指的是行政管理权，因为不少犹太人仍然操有治理权。约翰两次提及该亚法（49、51节），他是当年的大祭司。他在第50节说了一句非常重要的话，讲及一个人替百姓死，免得通国灭亡；这似乎是一句至理名言，但是约翰却领会到这是一个代赎的原则，就是新约的基要教义。值得我们留意的是，这话是由一位促使这原则生效的宗教领袖所说的。
第51节约翰的解释显示他比该亚法领悟的更多，这代赎的原则影响了全世界。
第52节约翰看见耶稣的死将会使神的子民聚集在一起，神的子民就是那些相信耶稣的人。
犹太人设计谋害耶稣的背景是在逾越节之前，人要洁净自己迎接圣礼。关于耶稣行的神迹和法利赛人的阴谋已经满城飞扬了。因此耶稣的去向成了人们讨论的内容。约翰特别提到杀害耶稣的阴谋正是为了引进耶稣的受膏，和祂进入耶路撒冷的情景。
耶稣在伯大尼受膏的事与拉撒路从死里复活有紧密的关联，使此事显得更加重要。约翰特别提及这事在逾越节的前6天发生（1节），似乎和耶稣开始事奉之前所提到的那6日遥遥相对。那一斤极贵的「真哪哒香膏」是非常珍贵的，就如犹大所估计相当于一年的工钱（三十两银子），这可能是液体状的香膏。膏抹头部是正确的做法（如太二十六7及可十四3所记），约翰记述马利亚用香膏膏抹耶稣的脚，然后在下一章提及耶稣为门徒洗脚，因此马利亚膏抹耶稣的脚就显得有其特别之处。路加福音七章38节也有记载耶稣的脚被膏抹。虽然二者非常相近，但是它们却有许多不同之处显示它们其实是两件不同的事情。路加福音所记述的是一个犯罪的女人，深深为她的罪后悔；而伯大尼的马利亚却是一个紧紧跟随耶稣的女人，约翰的描绘和路加对同一个人的描绘是一样的。她们二人都是用头发擦干耶稣的脚。犹太人的传统风俗是不允许女人蓬散着头发的，但是马利亚对耶稣的爱却超越了这些传统风俗。约翰提及屋里满了香膏的香气，显示这是作者在目击的亲身经历。
第5节记述犹大埋怨那样做是浪费的，这和符类福音对他的记述是吻合的。他不单被贪婪的罪恶所胜，也落入虚假里。为了支持这种说法，约翰告诉我们犹大出卖耶稣的迹象。「三十两银子」直译是300个得拿利（denarii），其实就是一年的工资。
第7节「由她罢，她是为我安葬之日存留的」，这不是说马利亚还存有剩余的香膏，而是说耶稣把她所做的事视为对祂将来受死埋葬的预备。犹大所关怀的不是香膏还剩下多少，而是耗费了多少。
第8节「只是你们不常有我」，这是独特的人才可说的话，也使人不会觉得祂流于狂妄自大。
群众所表现的热情和官方的敌意，实有天渊之别。对群众来说，是拉撒路吸引人来的；对那司长而言，他似乎是威胁的力量。第11节由于群众信了耶稣，使大祭司们想要杀死耶稣和拉撒路。
逾越节的衔头必定是人山人海的。群众急欲迎接耶稣之情也和官方的表现有天渊之别。
第13节「拿着棕树枝」本是与住棚节有关的，不过到了此时则和其它节日有关。摇动棕树枝是对得胜者尊崇的表现。「和散那」出自诗篇一一八篇25至26节，此诗篇是上耶路撒冷时唱的。「以色列王」清楚显示此诗所论及的是有关弥赛亚的事情。
约翰于第14-15节引用了撒迦利亚书九章9节来支持耶稣骑着小驴驹子进入耶路撒冷，而不是骑着战马进城。约翰再一次提到门徒不明日这些事情，只有等到耶稣复活，这里特指得荣耀，门徒才明白这些事情。
第17-18节似乎分别论到两组群众，一组见过拉撒路从死里复活，而另外一组则只是曾听闻此事而已。这事件使法利赛人感到非常为难，他们因此很难施行阴谋。「世人都随从他去了」可以看出他们为难的心情（42-43节）。这和第十一章48节的记述十分类似的。
这里的「希利尼人」极可能已经归信犹太教的希腊人，他们因此可以参加犹太人在圣殿里的敬拜。没有迹象可以显示他们委身的程度，但是从他们参与敬拜，就足以显示他们的确诚心寻求神。犹太教有较高的道德标准，故可吸引外邦人相信。这些人极可能来自底加波利，也可能他们早已认识来自伯赛大的腓力。他们希望求见耶稣，是要向耶稣学习，而不单纯为好奇的缘故而来。或许，在约翰的眼里，他们就是这「世人」跟随耶稣的最好例子。
第23节「人子得荣耀的时候到了」我们无法想象群众如何理解耶稣所说的话，他们未能领会「荣耀的时候」的重要性。希腊人可能会想象耶稣以荣耀的方式进城，但对耶稣来说，这是祂步向受难的道路。从得荣耀的主题和麦子的比喻来看，这「时候」就明显多了。
第24节「我实实在在的告诉你」指出此宣告的重要性。耶稣把死亡带来新生命的自然界规律应用到祂身上。麦子会继续生长麦子，而耶稣论到自己的受难时亦是如此。祂的死亡会为许多人带来生命。
第25节爱与恨的对比突显了一个人对耶稣的回应将带来何种的结局。爱与恨在此只是一种互相对立的相对名词。
此段描绘耶稣知道自己的时刻已经来到了，约翰福音也是一直如此引领读者的。
第27节耶稣于此所表现灵里的挣扎和符类福音所记述的客西马尼园的痛苦（太二十六38；可十四34）是互相联系的。「我说甚么才好呢」有两个可能的解释──一为祈求免除这时刻的痛苦，但从耶稣使命的整体来看却是不可能的；另一为祈求使父的名得荣耀。第二个解释符合约翰此处所强调的得荣耀主题，就是耶稣即将在十字架上的得胜。从天上来的声音也证实了此刻的重要性。这天上来的信息具有过去和现在的意义──得荣耀正是耶稣使命的精义（28节）。人们对从天上来的信息有三种不同的回应。
第29节对一些人来说，那只是雷声罢了，这些人无法得到任何的启示。另外一些人则知道这是超自然的声音，却以为只是天使的声音。只有耶稣知道这声音是要让人听见然后明白的，但是因着他们没有听见这信息，因此耶稣向他们解释了这信息的意义（31-32节）。
第31节「现在」清楚地指出耶稣的时候已到，也就是「世界受审判」的时刻到了。这审判是指十字架对现今世界的定罪。对于那些已经借着十字架接受了耶稣的人，他们已经因为十字架而得着救恩。十字架所带来的双重结果，就是世界的王给赶出去，以及耶稣因此吸引了许多人跟随祂。撒但藉以伤害耶稣的十字架，也同时成为推翻自己权势的工具。
第32节原文有「但」在开始，实际上将高举和逐出分别开来，这两个结果其实源于同一个事件。我们有必要弄清楚「吸引」这词的意思。在第六章44节也使用了同样的字眼，指天父吸引了许多人跟随基督。但是在这里却是指基督因牺牲的缘故而成了吸引人的力量。这句话没有进一步交代有多少人被主耶稣吸引。虽然这里含有审判的意味，不过其主要的意义乃是指基督吸引人与祂建立更有信心的密切关系。
第34节群众的反应显示他们所理解的「高举」与弥赛亚的永恒性是有所不同的。群众所发出的问题：「这『人子』是谁呢」不单是当时的群众、约翰的读者，甚至现在也是一直以来的辩论课题。耶稣于回答此问题时使用了序言的说法，就是应用于祂身上的比拟，如祂就是光（35-36节）。我们再一次看见光和黑暗的特殊对比。黑暗代表了没有神的世界。行走在光明中就是跟随着光前进。耶稣指祂的跟随者就是「光明之子」，就是信靠祂的意思。十字架事件之前后都需要这样的信靠。耶稣就离开他们，隐藏了（36节）显示祂的光是在于祂的教导而非祂的个人存在。
约翰接着下来的一段概括耶稣的事奉对人的影响。耶稣所行的神迹并没有吸引太多的人跟随祂，约翰因此引用了旧约的预言（赛五十三1）来支持此现象。以赛亚当年遭人弃绝的经历，也发生在耶稣身上。虽然七十士译本把它译为「他们闭上了眼睛」，此处的重点却是强调神主权的作为。约翰认为以赛亚书要指出的是，无论是神的话语，或是神的作为（主的膀臂）都无法使人产生对神的信心。约翰引用了以赛亚书五十三章后，约翰又引用了以赛亚书六章10节，就是以赛亚在圣殿看见神荣耀的那一幕。
第40节耶稣的信息无人相信是令人感到困惑的一件事，虽然以赛亚当时的话不是特指耶稣而说的。
第41节「以赛亚因为看见他的荣耀」约翰此话引起了一些争议。以赛亚所看见的是耶稣的荣耀或是神的荣耀？约翰用「因为」一词似乎是要指出以赛亚的预言与耶稣的使命有极之紧密的关系。约翰极有可能认为以赛亚书所论及的受苦仆人就是指向基督本人。以赛亚所要看见的荣耀是属于要来之人的。从另一方面来看，如果以赛亚真的从耶稣身上看见神的荣耀，那即表示耶稣在旧约先知的信息中有极之重要的地位。不过，前者是比较合理的解释。
约翰在第37节里提到犹太人的不信，但其中原来也有一些暗中相信的领袖。然而，他也指出人会因自我的利益而障碍对神的信心。许多时候，信心会因为害怕众人的缘故而被压抑住。
第42节「被赶出会堂」等于被革除。在约翰的时候，或许有人企图暗暗的跟随耶稣，这些话就是要责备他们爱人的荣耀过于神的荣耀。
第44-50节耶稣论到世人对祂的使命的响应之重要性。耶稣曾经静悄悄的隐藏（36节），然后又出现向群众作最后的一番教导才专注于训练祂的门徒（十三至十七章）。第44节「耶稣大声说」，其实是在事工的最后阶段为祂的讲论作一个总结。在此有很多我们熟悉的主题，如信心的重要性，耶稣与差祂来者的密切关系（在此提及3次），耶稣是光的观念，以及光和暗的对比（44-46节）。另外一个重要主题就是审判（47-48节）。虽然耶稣的话足以审判世人，但这却不是祂主要的任务。祂来的主要目的乃是成就救恩；审判只是救恩的结果罢了。第48节透过耶稣所讲的道审判世人，这联系了约翰在序言里所论及耶稣就是「道」（一1）。显然的，审判权柄的基础是影响审判的关键因素，这表现于天文和耶稣同心的行为上。
第51节所论的永生这主题在本福音书已经提过了数次。约翰于总结耶稣事工之际再次强调了祂教导的重要性。它也衔接了接着下来的记述，也就是耶稣对门徒们的教导。
本段的开始不一定指到那事件发生于逾越节前夕，纵使一般是如此假设。关于本福音书和符类福音所记述最后晚餐的日子，一直以来引起不少的讨论。与符类福音比较，约翰所记载的逾越节筵席似乎是提早一天举行。这不同之处也许是因为他们使用了不同的历法，但这解释也有其难解之处。最佳的处理方法便是假定逾越节就在尼散月第十五日，并且坚信约翰的记述可如此诠释。
这开首的部分帮助读者了解洗脚的真正意义。我们也应当留意以下几件事：就是耶稣深刻理解到那时刻的来临（1节）；祂对属祂之人深切的爱；魔鬼借着犹大所做的事（2节）；以及耶稣确信祂是从神而来，并祂的事工是神所命定的。这扼要概括了耶稣的使命所具有的力量。在耶稣整个事奉中，魔鬼和耶稣无时无刻不互相敌对，而很快就要进入对抗的高潮了。父对子的爱和魔鬼的诡计于此形成了强烈的对比。约翰的记述显示耶稣清楚知道那痛苦的时刻是在父神的掌握之中，这和耶稣一再重复说祂顺服天父的旨意是一致的。祂洗门徒的脚就是对此的实现（4-5节）。洗脚是象征性的行动，象征着洁净和谦卑的服侍。第12-17节带出了这谦卑服侍之意义。脱去外衣，又束着手巾，是卑微服侍的装束，是犹太人及希腊人所轻看的。
我们无需假设耶稣第一个洗脚的对象是西门彼得（6节）。彼得的反应就如我们从新约其它记载得知他的个性一样。他的疑问、他的拒绝，以及他那激烈、夸张的改变，都显示出彼得的典型个性。门徒在整个记述中所显出的迷惑，到了后来才消除（7节）。这和较早时候门徒的误解是一样的。除非这洗脚的行动是具有象征意义的，否则耶稣在第8节的回答就显得毫无意义了。除非耶稣洁净人，否则人是无法得到洁净的。关于这点，彼得至少已掌握了（9节）。
第10节的话显示洗脚并非只是榜样而已。它是门徒可以参与耶稣谦卑服侍的途径。洗脚所象征属灵洁净的第一个应用，是与谦卑服侍的榜样连系起来。赎罪的行动不需要重复。
第11节显示虽然耶稣将犹大列入洗脚的行列中，但是他后来出卖耶稣的行动，使他仍是不洁净的。
在下一段（12-17节），耶稣按祂自己所行的，向门徒发出挑战。祂深知他们的理解有限，所以在回答自己发出的问题时，祂先提到自己与他们的关系（「夫子」、「主」），然后是祂的榜样（「你们也当彼此洗脚」）。祂带有权柄的教导，是清楚易明的，只是当我们理解到谦卑在当时是被轻视为软弱的记号，祂的命令就显得更加突出了。从人际关系来看，耶稣的命令是革命性的。有些基督徒将洗脚当作一种礼仪，耶稣的行动其实是配合当时的背景。我们不需要重复洗脚的作法，但当中包含的谦卑却是不可废弃的。耶稣认为对别人的服侍，即使低下，也是可敬的行为。
第16节的「仆人」在希腊文是奴隶，就是在主人家中没有甚么权利的人。由于「差人」在希腊文也可译「使徒」，这是耶稣对祂拣选来传祂信息之使徒的提醒。从这强调谦卑的上下文来看，这些字词在往后的日子里必然提醒使徒们，使徒不是高人一等的。在耶稣的教导中，是不准许知而不行（17节）的。
耶稣回到出卖的主题上（比较11节）。犹大似乎被引为知而不行的典型例子。虽然还没有提到卖主的事情，约翰已经显示耶稣全然知道即将发生的事，就如诗篇四十一篇9节所预言与祂同桌吃饭的要用脚踢祂。如果门徒当时能够把握这教导，他们就早已信了耶稣。
第19节的「我是」可能是引述出埃及记三章14节神大而可畏的名字。这段落结束时所记述的话，也出现于马太福音十章40节，那时正是耶稣差遣十二使徒出去的时候。可见，读者不可因一人卖主而联想到太多意思。应该留意的是其它门徒对耶稣正面的态度。
此段重提卖主的事情。耶稣于此心里忧愁（21节），就如十一章33节和十二章27节所述一般，耶稣心里非常作难。这反映了即将临到的十架苦难具有何等的张力。
第21节所提及的卖主一事，比以前更加具体明朗了（「你们中间有一个人要卖我了」）。门徒的反应在此更加戏剧化了。符类福音更加细腻地记述此事（比较太二十六22；可十四19；路二十二23）。有许多细节──如门徒彼此对望、耶稣所爱的门徒侧身挨近耶稣怀里、彼得点头的动作、细声的交头接耳，以及耶稣刻意及具有象征性的响应──于此都记述得很细腻，显示这是出自目击者的手笔。
谁是「耶稣所爱的」那位门徒呢（23节）？基于如此细腻生动的记述，很可能是指作者自己。他深深体会到耶稣对门徒的爱。我们无需以为他是暗示耶稣爱他比其它门徒更多。不少人认为本书不是约翰写的，或者基于十一章3、5节而以为这里所描绘的是拉撒路。这些推测都似乎不可信。
蘸了饼又递给犹大（26节），这个表示尊敬的行动，应该看为对此背叛者的呼吁。约翰记述犹大吃了饼之后，「撒但就入了他的心」（27节），必定是作者经过深思熟虑的结论。任何人若有犹大的行为，必定是受了撒但的诱惑。再一次，约翰记述了门徒无法领悟的一件事情。只因为犹大是管钱的，他们便以为耶稣是吩咐他去买东西或是去赒济穷人（29节）。约翰提及犹大于「夜间」出去，显示重要的象征意义──在此人心中是一片属灵的黑暗。
是离别讲论（十四至十六章）的前奏。它共有两个主题──耶稣与门徒的关系，以及祂为彼得所说的预言。耶稣于此又提及祂即将临到的荣耀（31-32节）。似乎犹大离去时的黑暗，与这荣耀成了强烈的对比。这些经文显示耶稣如何以得胜的姿态面对将临的十架苦难。祂深信神掌管着整件事情。
第33节有回顾的意思，它重提耶稣曾向犹太人说的话（七33）。为了帮助门徒，耶稣特别澄清了祂曾说的话。得荣耀包含分离。
第34节的新命令将于十五章12节的教导里重复提起。爱的命令已经从委身于神的意义来理解，但耶稣命令门徒要彼此相爱，却带来了新的领域和新的动力，就是源于耶稣对门徒的爱。
门徒知道耶稣将被卖之后，祂便向他们说了十四章的话。在此情此景，耶稣所说的安慰话具有深远的意义，在以后的日子，这些话也同样安慰了许多人。究竟应当如何理解第1节的下半部呢？「你们信神，也当信我」（两者皆是命令式语句）：「你们信神」（陈述式语句），「也当信我」（命令式语句）。第一种解释最符合上下文。耶稣提到父的家「有许多住处」（2节），显然是为了激励门徒。这生动地描绘天上有足够的供应赐给耶稣的门徒。
这些地方是借着耶稣的受难和复活而预备的。虽然有人将「必再来接你们」（3节）解释为五旬节，或甚至在信徒死时，耶稣的降临，但这显然是指向耶稣的再来。虽然门徒接着的问题并没有显出他们的属灵洞见，但耶稣在第4节所说的话，却显示他们应该知道通往天父的道路。多马的问题留于字面上的理解（5节）。他并没有想到那道路其实就是耶稣。耶稣之所以是「道路」，因为祂也是「真理」和「生命」。这也就是说真理和生命阐明了道路的意义。耶稣身为道路，乃是一条受苦和借着降卑而得胜之道。
「你们若认识我」（7节）似乎显示门徒并不认识耶稣。或许我们应该把它理解为「你们若认识我，也就认识我的父」。这是深奥的真理──认识耶稣，从而认识天父。腓力无法领会这真理，是可以想象的。他表示把神直接显给他看，已使他心满意足（8节），却换来耶稣的责备。门徒当中没有人能够明白神已在耶稣身上启示自己。耶稣基于两方面向腓力发出呼吁：一是祂所说的话，另外是祂所行的事。门徒至少应当理解耶稣所行的神迹，乃是神的工作（10-11节）。
耶稣在第12节说了一些令人诧异的话。那就是信徒要做比这些更大的事。耶稣已经明显指出信徒将继续祂已经开始的工作。但是，惟有透过耶稣复活之后，福音被广传，我们才能明白何谓更大的事。信徒能够做那更大的事，是因为耶稣往父那里去。使徒行传就是这预言应验的明证，而今天福音的广传，也是这些「更大的事」记号之一。这应许的实现和祷告态度的紧密关系，在13至14节里可以看到。
本段经文一连两次强调爱与顺服的关系（15、21节）。这种顺服不是奴隶性的顺从，而是甘心乐意地遵从。对于遵守摩西律法的犹太人来说，这简直是一种革命性的跃进。耶稣知道他们需要帮助，以完成他们受托的使命，所以必须由这背景来理解所应许的「保惠师」。希腊文paraklete其实就是从旁协助的人，常用以指法律顾问。这名字含有鼓励的意思。事实上，父应许赐下「另外……一位保惠师」，就表明圣灵会继续耶稣的工作，就是提醒门徒有关耶稣的教训（比较26节）
保惠师就是「真理的灵」，其实是认同耶稣所宣告祂就是真理（6节）。
第17节概括了世界和门徒之间的对比，而接着的一段经文也继续阐明它。耶稣向门徒保证，即使世人不再看见祂，祂仍然与他们同在（18-19节）。「孤儿」乃是指那些没有关怀和支持的人。就如第3节，耶稣的再来有难明之处（「我必到你们这里来」）。虽然这话可以理解为是指到五旬节（提到圣灵），但更顺理成章的理解应该是指复活主的再来。既然在耶稣得荣耀的时候赐下圣灵，那么两者之间的解释必有密切的关系。
第19节提及生命（「活着」），也支持这样的理解。
第20节所论的互相内住，就是透过圣灵的工作所带来的结果。有关爱的和顺服的关系，可参考第15节。父的启示借着基督对我们的爱临到我们（21节）。
犹大（不是加略人犹大）于此发出一个问题。为甚么耶稣的爱不延展到世上所有的人呢？耶稣在回答里指出爱的动机（23-24节），似乎不愿让犹大的问题岔开了祂的教导。但那实在是真正的答案，因为无论信徒身在何处，圣父与圣子都会住在他里面，而这绝对不会发生在那些拒绝遵行祂教训的世人身上（24节）。
第26节论到圣灵的教导，这解释了门徒将来怎样回想起祂的教导。耶稣与他们同在的时候，他们都已经领受了耶稣的教导；耶稣离开之后，圣灵会提醒他们有关祂的教导。这对于保存耶稣的教导传统是非常重要的。任何有关福音书起源的学说，若不接纳这应许的圣灵会保存和提醒福音书作者，祂要记载的是甚么，必定站不住脚。平安的应许和十四章的开首是一致的，但在这里却是临别之言，并且于复活之后赋予的新意义（参二十19、21、26）。这上下文具有强烈的属灵层面──耶稣说「我的平安」（27节）。这是经过考验的平安。它基本上与世界上的平安不同。当保罗论到「神所赐出人意外的平安」（腓四七），正是响应此观念。
结语（28-31节）含有轻微的责备。如果门徒真的爱耶稣，他们就会因耶稣快要完成使命而感到欢欣。关键在于「因我到父那里去」这几个字。如果他们掌握了这要点，就不会感到忧愁了，因为回到父那里去，就表示已经完成了使命。为何耶稣在此说「父是比我大的」？我们不能将这话断章取义，必须从耶稣回到父那里来理解它。耶稣在世的地位确是低于父在天上的荣耀地位。接受如此低微的地位，也是耶稣的使命之一。同时，我们也当从耶稣不断遵行父的旨意来理解这话。这经文应当与十章30节比较。
第29节和十三章19节是平行经文，提到将来的结局，有助坚固门徒的信心。
「这世界的王」（30节）促成那即将到来的十架苦难（比较十二31预言他的失败）。耶稣清楚知道那些对抗祂的邪恶力量已经严阵以待。然而，祂也知道那恶者乃是「毫无所有」的；祂无法改变父的计划。耶稣使命的一部分，乃是教导世人知道祂对父的爱（31节）。至于这爱必须借着十字架来彰显，就不是门徒所能领会了。结语（31节）是难解的，因为它似乎是楼房讲论的结语。接着下来的记述，很可能是在户外的讲论，十八章1节说耶稣「同门徒出去」，所以十五至十七章的记述应该是往汲沦溪途中的谈话。有人认为十四章应该接于十七章之后，但此说法没有证据支持。剩下一个可能的解释，便是指十四章31节所说的，在稍后才实现。总的来说，第一种解释引起的难题是最少的。
从这记述看来，我们无法肯定耶稣当时究竟身在何处。如果十四章31节真的是指他们离开了楼房，他们很可能经过一棵葡萄树，而耶稣因此就地取材教导门徒。「我是真葡萄树」（1节）是约翰福音里最后一个「我是」讲论。若从旧约中的以色列为葡萄树或葡萄园的观念看（诗八十8-16；赛五1-7；结十五1-6，十九10-14），我们不难看出它的重要性。耶稣是「真葡萄树」的意义，在于与以色列的对比：由于后者的表现与蒙召的身分不相称，因此显出耶稣的真实。耶稣是实体，而以色列只是预表。「栽培的人」就是父，负责修理葡萄树。显示耶稣与父的关系是何等亲密。葡萄树的目的在于生产葡萄，因此焦点便理所当然地落在枝子上，以及确保好收成所需要做的事情（2节）。为了确保葡萄树「结果子更多」，修剪是最重要的。完全不结果子的枝子是无用的，必须剪去，至于较弱的枝子，可以借着修剪而使它健壮起来。门徒当中的犹大要被剪去，其它则需要修剪，以致能够于五旬节之后结果子。既然耶稣的教导就是修剪的途径，因此门徒可以说是已经修剪过了（3节），纵然修剪的过程显然还未结束。
葡萄树枝子离开了，是不可能结果子的，因此门徒必须常在耶稣里面（4节）。葡萄树的比喻所强调的，是门徒必须时刻倚靠耶稣。
第5节强调门徒离开了耶稣就不能做甚么的无助光景。
第6节的「丢在外面」是补充第2节的修剪行动。所说的「火」，只是比喻的一种细节描绘，而非具有甚么特殊意义。那些被剪下来的枝子，结局就是扔在火里烧了。
第7节告诉我们这比喻的应用，那就是祷告与连于枝子的紧密关系。那些常在主里面的人，不会发出任何不合乎主心意的祷告。本段经文在结束时，再次强调结果子的重要性（8节）；它本身不是目的，而是荣耀父的一个途径。
第二段继续发展上一段所提到的一些主题，尤其是耶稣与门徒之间的亲密关系。第一，子对门徒的爱，就是效法父对子的爱（9节）。第二，子对父的顺服，成了门徒顺服子的榜样（10节）。第三，强调「常在我的爱里」的重要性，这在9至10节里一连3次提及。第四，门徒的喜乐建基于子的喜乐（11节）。从那即将临到的苦难看，耶稣如此教导，的确充满了难以言喻的悲苦（参来十二2）。
耶稣接着把焦点转到爱的力量上。这必须是双向的（12节）──仍是效法耶稣对门徒的爱。
第13-14节所论更大的爱，让我们看见耶稣正想着那即将临到的苦难，祂快要为祂的朋友舍命，而这样的牺牲是他们尚未能领会的。从仆人到朋友这关系上的转变是意义重大的。它们的差别不是在态度的改变──因为二者都必须顺服遵从（14节）──而是沟通上的改变。仆人只是盲目服从，而朋友则是心腹之交（15节）。虽然「因我从我父所听见的，已经都告诉你们了」，似乎是一件已经完成的事情，其实这要等到耶稣从死里复活之后，门徒才全然明白这启示（比较十六12）。圣灵要为他们阐明。为了不让门徒以为他们有何优点以致蒙神眷爱，耶稣特别提醒他们，乃是祂拣选他们，而非他们拣选了神。拣选的目的是要他们结果子，从上下文看应是指带领人跟从基督。
第16节的「使」可能有误导成分。父应允祷告，是因为他们蒙耶稣拣选，而不是因为他们结果子。
第17节支持了第12节的说法。或许我们很难想象爱是一种命令，然而这就是此段的明显概念。
耶稣在上一章谈论到爱的力量。然后转到恨的力量上，警告门徒有关从世界而来的敌对力量。这里的「世界」是约翰福音一贯所指，与神不一样的道德秩序。这世界爱那些属于它的人，而恨恶耶稣所拣选的人（18-19节）。在此我们看见物以类聚的原则。因此耶稣指出被世界恨恶的属灵因素。那是因为祂拣选了门徒，他们受到世界的怀疑。耶稣在第20节提醒门徒有关祂说过的话（参十三16）。仆人不能期望得到比主人更好的待遇。在这之前所谈论的是必需谦卑，如今所谈论的是世界将会如何对待他们。第二个「若」分句（「若遵守了我的话」）带入了一个未实现的情况；因此门徒无法期望世界会听从他们的教导。不过，如果意思是指还有一些人愿意遵守耶稣的话，那么他们也会遵守门徒的话，因此在这世界里，不是没有可能找到愿意响应耶稣教导的人。
逼迫源于无知（21节），就是不知耶稣所作的乃是父的工作。但这无知的罪是无可推诿的（22节）。耶稣的到来，已经将这道德责任放在凡听过祂教导的人身上了。当然，在耶稣未来之前，罪已经存在世上，但无法分辨父在子的使命中显明之旨意，使他们罪加一等。世人拒绝接受神完全的启示。
第24节回到恨「恶」的主题上，然后指出漠视耶稣的神迹的罪。事实上，耶稣用很强烈的字眼：「恨恶」（24节），来形容他们的顽抗。耶稣引用经文（比较诗二十五19，六十九4）来支持这样的解释。
这里所提到圣灵的工作，与上一段有很密切的关系。耶稣在此向门徒保证，圣灵会为祂作见证，正如他们为祂作见证一样（26-27节）。这句话最重要的一点，就是这灵是「从父出来」的。这要点必须从耶稣的使命来理解，而不是从希腊教父所认为的外在「发射」（procession）理念来理解。
第27节帮助我们清楚明白所应许之圣灵的功能，是特别为门徒而设的。他们一直与耶稣同在，有责任成为此历史事件的见证人。不过，无论基督徒的见证传到任何地方，这应许有更广的应用。
即将临到的逼迫（十六1-4），在此更加具体显明了。耶稣警告门徒，是要预备他们迎接即将发生的事情。「跌倒」（1节）这动词直译是「面对障碍」，就是犹太人的敌对。「赶出会堂」就是被革除的意思，是每个虔诚的犹太人所害怕的，因为这表示他们从此与所珍惜的传统隔绝。这是初期犹太基督徒必须面对的威胁。认为迫害基督徒就是事奉神这信念，在保罗身上有鲜明的描绘（徒九1-2，二十六9-11）。如此反复无常的态度，基本上就是未曾认识父与子（3节）。这样的想法其实是大有问题的；他们如此行是自己欺骗自己。
第4节耶稣在之前和后来对祂的受难有不同的谈论，是与圣灵的来临有关的。那就是这里所言的「时候」了。
第5节表面看来似乎和十三章36节及十四章5节互相冲突，因为彼得和多马在那两处经文曾问耶稣究竟往哪里去。不过我们必须留意当中的不同处境。耶稣在此所关心的是祂整个使命的完成。只是门徒没有足够的领悟力来明白此事。其实，彼得和多马并非真正了解他们发出的问题。如今，耶稣给予门徒更多的启示，只令他们更加困惑。耶稣说他们「满心忧愁」（6节）。为了消除他们的忧愁，耶稣向他们保证祂的离开其实是对他们有益的。耶稣的保证再一次提到所应许的圣灵：这是第四次提到保惠师。耶稣和圣灵的关系是亲密的（7节）。这里所说的主要是指耶稣受难及复活之后，五旬节时圣灵的降临。圣灵的工作是「责备（convict）世人」（和合本：「叫世人……自己责备自己」）。在希腊文中，此字词之后有一个介词跟着，意指世人将会按接着提到的3样事情受责备（8节）。第一项是「罪」，比其余两项更易明白。它是指圣灵责备人的罪、义、以及审判。世人无法理解罪的本质，但圣灵会使他们清楚看见，由于他们不信基督，他们就是罪人（9节）。圣灵也会责备他们的义（10节），使人知道他们的义与神的义有天渊之别。只有当世人看见他们的义一无所有，他们才能够体会基督的义，就是祂被高举得荣耀后所显明的义。圣灵的第三项工作就是责备人的审判（11节）。世人的审判是错误的，是根据「这世界的王」的原则，但后者既然已经受了审判，就显出那原则是错误的。
第五次提到保惠师，是紧接着第四次，它集中于圣灵启示的工作上。
第13节所说「一切的真理」，是指耶稣基督所给予的全部启示。圣灵按着祂的本质来引导，那就是真理。阳性代名词在此指向圣灵作为引导的位格。并且，祂不是凭自己说的，而是按着祂所听见的说的，清楚指出圣灵与差祂来者之间的亲密关系。究竟「将来的事」是甚么呢？这里所指的不是很久之后要发生的事情。比较适当的解释应该是指圣灵降临之后更完全的启示。圣灵的工作是要荣耀基督（14节），不是要荣耀自己，这是对于祂的工作重要的理解。
第15节特别强调了这点，而本福音书许多地方也清楚强调这点。
第16节进一步发展十三章33节所给予的暗示，就是「等不多时」，将有极之难以置信的事情发生。由于这里连续提到两次「等不多时」，最好的解释应该是指耶稣的死和复活。
第17-18节提到门徒的困惑是可以理解的，虽然我们可能不明白门徒为何没有直接向耶稣发问。当耶稣回答了他们压抑心中的困惑时（19节），祂又重提「等不多时」。约翰对门徒缺乏理解的评述，显出他清楚知道他们这个时候的想法。耶稣在解答他们的困惑时，再次提醒他们有关那即将来临的「忧愁」（20节），但这也是为了保证他们那随之而来的喜乐。世人喜乐和门徒的喜乐，有鲜明的对比。耶稣用妇人生子的隐喻来形容忧愁转为喜乐。新生命带来的喜乐将淹没生产之苦，可说是普世定律（21节）。这忧愁转为喜乐的原则，应用在门徒身上（22节）。这喜乐的特质在于它的稳固。没有任何力量可以破坏这永恒的喜乐。「到那日」（23节）指的是门徒将完全明白复活之意义的那个时候，因为门徒再也不需要问耶稣有关祂即将离开等问题了。并且，他们询问的对象也由子转为父了（23节）。耶稣所说的「我实实在在的告诉你们」显示了这样的祷告是何等重要。在耶稣离开之后，祷告更加重要了。这显然是确保喜乐的途径（24节）。这里的意思乃是指到目前为止，门徒尚未学习奉耶稣的名向父祷告，当然在耶稣复活之后，他们就晓得了。
第25节的「比喻」一词在十章6节曾用来阐述羊圈的比喻。耶稣给予加利利群众的比喻和给予门徒的直接教导，是平行而非互相矛盾（可四33-34）；祂在受难和复活之前，使用晦涩难明的话，而复活后的清楚启示，也是一样平行不悖的。所使用的语言因听众的领悟力而有所改变。「时候将到」指的是五旬节，之后圣灵就很清楚的向门徒说话。
第26-27节显示耶稣要门徒明白一件事，就是父聆听奉耶稣之名所作的祷告，因为父爱他们。因着这样的爱，他们可以直接来到父前求。值得我们留意的是，父是基于门徒对耶稣的爱来爱他们。实际上，他们对基督的爱和信心，就是父爱他们的明证。这里的陈述补充了十五章9至16节的记述。耶稣的使命和使命的完成，在第28节中记述。
本章结束的段落再次显露门徒缺乏足够的理解力。他们自以为明白了（29节），但耶稣却提醒他们，他们将要分散，不再支持祂。他们的信心是基于他们认为耶稣所说的是简单易明的事，因此不需要再问明耶稣。虽然他们信心的基础是不足的，但他们的结论却是正确的，那就是耶稣是从神而来（30节）。「现在你们信么」应该理解为「你们现在相信了，但……」。对门徒来说，第32节的话令他们感到震惊，因为正当他们表达了对耶稣的信心之后，接着而来的竟然是离弃耶稣。不过，天父却不会离弃他们。耶稣很温柔的藉此挑战他们表白信心。耶稣看见他们离弃祂之后信心能得以重建，也看见他们因着耶稣胜过了世界。在敌对的世界中有平安（33节）。
第1节的开首就清楚显示耶稣的祷告和之前的讲论有密切的关联。「荣耀」是这祷告的主题。「时候」指的是受难和复活，就是得荣耀必经的途径。这里只是暗示，而没有清楚论述得荣耀的过程。本福音书许多处将十字架和荣耀并列。这里强调的是父与子互相荣耀对方。较早时曾提及父将权柄给予子，这时候又再重提（2节）。目的是使子能够将永生赐给父所赐给祂的人。这里意味着子的使命是不会失败的，因为它掌管在父的手中。这永生暗示父与基督能被世人所认识（3节）。在约翰福音，「独一的真神」此称号只在此处出现过，目的是要对比当时的许多假神。耶稣自称为「耶稣基督」，也只是在此出现一次。
第4-5节继续谈论荣耀这主题。当耶稣说「我在地上已经荣耀你」，它产生了一个问题：祂所想的是否包括十字架的苦难，即使这尚未发生。既然那受难的时刻已经占据祂的思想，这段说话必定包括一切将要发生的事情。只有在受难之后，耶稣的工作才完成。「未有世界以先，我同你所有的荣耀」指的必定是子的先存性，并道成肉身的事实。耶稣其实是回到祂所属的地方，就是父那里。
这祷告的第一个主题是耶稣给门徒的启示。「我已将你的名显明」这句话总括了耶稣的事奉。这名指的是父的名。
第6节暗示门徒于耶稣未拣选他们以前，已经属于父了。必须留意的是，这里所强调的顺服是蒙被拣选者的特质。
第7节的语句有些奇怪（「凡你所赐给我的，都是从你那里来的」），但是它强调了父的主权和旨意。
第8节又进了一步，就是知识产生了信心。当然，这信心还在萌芽阶段，然而耶稣却看见它往后的成长。当耶稣说「不为世人祈求」（9节），那是因为父没有将世人赐给祂。属祂的人和世人之对比，是贯穿本福音书的主题。
第10节强调恩赐和拥有的观念，荣耀之主题也由这一章的开始延续至此。必须承认的是，耶稣直至目前从门徒得到的荣耀极少，不过祂所思想的似乎是将来的事。
接着是特别为保守门徒而发出的祷告（11-12节）。耶稣在此称父为「圣父」，是很独特的。这祷告是「因你所赐给我的名」而发出的，在希腊文是「在（en）你的名里」，更表达出那个意思，意指门徒在父里面，拥有神的性情。
祈求合一的祷告订下崇高的标准，就是要如神与耶稣般合一。应当留意的是，只有在神的名里，才能有真正的合一，就是顺着神在基督里的旨意而行。祈求神保守门徒后，耶稣宣称祂已「护卫」了门徒（12节）。祂似乎是将保守门徒的工作交给神。唯一例外的就是犹大，他在此被称为「那灭亡之子」。这样的称号也在帖撒罗尼迦后书二章3节出现，那里称他为「大罪人」。第一个「灭亡」（apōleto）和第二个「灭亡」（apōleias）带出犹大和其它门徒的对比。
第12节所援引的经文应该出自诗篇四十一篇9节。
在「心里充满我的喜乐」中，「我」字是特别加强的。我们无法想象比这更好的前景了。
第13-18节里又出现了门徒和世人强烈的对比。并进一步对比「他们不属世界」（14、16节）和「离开世界」（15节）。祷告的重点在于祈求保守脱离那恶者。耶稣一连两次提及「你的道」（14、17节）作为有力的动源。首先，此道引起世界的仇恨；第二，它是成圣的途径。这道概括了耶稣所教导关乎神的一切信息，也是门徒即将向整个世界宣讲的内容。
第19节论到耶稣将自己献上，完成使命（分别为圣），以致门徒也能成圣。门徒从耶稣的榜样得到力量。
耶稣一直为祂的门徒祈求，现在祂转而为那些将因门徒的见证而信祂的人祈求（20节）。对于祂亲自教导，以及间接受祂教导的那些人，耶稣乃是一视同仁。祂为两者祈求合一。合一的模式依然是父与子的关系（21节），而合一的基础是常在父与子里面，目的是传道（21、23节）。这里的循环是信心导致合一，而合一的见证则吸引人来相信耶稣。与合一有关的主题是荣耀，它也是这祷告开始时提及的。那里暗示基督的荣耀产生合一。合一不单要完全，也要在世人面前展示。如果我们回顾教会过去的分裂，不难发现我们其实已经远离了耶稣的要求。
耶稣继续发展「荣耀」的主题（24节），将之与父在「创立世界以前」对祂的爱连在一起，如此再次回应「先存性」的主题（第5节已经提过了）。
第24-26节总结这段祷告。「公义的父」强调了神很公平的对待世界。我们再次看见世人和门徒之间的强烈对比。「你所爱我的爱」是指门徒因为爱耶稣和别人而显出他们对父的爱。祷告是以祈求基督住在门徒里面而结束。
虽然约翰福音和符类福音有不少相近的记载，这段卖主的事件却是约翰福音独有的。只有约翰告诉我们园子位于哪个山谷，而符类福音只提及那园子是客西马尼园。虽然约翰没有提到在园子中的悲痛，但他知道这事件（比较11节）。他提及犹大很熟悉该处，因为耶稣和门徒常到那里，这显然是目击者的记述。当时有兵丁（3节）随从，是为了协助维持秩序。耶稣没有等待犹大来指出祂，就站出来向兵丁和差役表明身分（4节）。
第5节的「我就是」似乎和之前的「我是」说法不一样，它的含义也不同，虽然搜捕耶稣的人听见，就「退后倒在地上」（6节），显然是被某些力量慑住了。不过，他们很快爬起来。除此之外，他们没有发觉耶稣有何奇特之处。只有约翰福音记述耶稣请求他们让门徒离开（8节）。
第9节被视为应验耶稣于十七章12节所说的话。彼得配刀，颇令人感到惊讶（10节）。它很可能是一种匕首。彼得向那仆人砍了一刀，显然是一种不要命的匹夫之勇。只有约翰提到那仆人的名字。耶稣提及「杯」（11节），似乎是引述符类福音所载的客西马尼园经历（参太二十六39-40）。彼得在此还不明白耶稣执行使命的决心。
此事的重点在于该亚法是那一年的大祭司（13节），以及约翰所提到有关该亚法较早前所说的话（十一49-51）。该亚法的岳父亚那也当过大祭司，因此有相当的影响力。这里只提及两个门徒的反应，就是西门彼得和另外「一个门徒」（15节）。后者可能是约翰，不过他和大祭司相识，则难以解释。因着这个门徒的关系，彼得才得以进入院子。约翰记述彼得3次不认主，是配合了大祭司3次审问耶稣（十九24）。除了这里提到「烤火」之外，路加福音也有提及（路二十二56）。不过，只有约翰提到「天冷」（18节）。
耶稣的回答（20节）暗示大祭司向耶稣查问祂私下对门徒的教导内容。对于这样的审问，第20节的答复成了强烈的对照。如果大祭司真的要求证据，他有很多机会可以由许多见证人那里得到。这也是一个正式审判的合法程序。事实上，应该先传召辩方的证人。或许亚那觉得他的审讯不是正式的，所以不受法律约束。差役用手打耶稣也不符合法律程序。耶稣在第23节说的话，是冷静地要求公正的审讯。然而，仇敌的阴谋却不容许公正的审理。有人觉得22节及24节分别提到的大祭司（亚那和该亚法），出现一些难解之处。可能亚那虽然已经退任，却还保留名分。
第三个向彼得发问（25-27节）的人，是那个耳朵被砍之仆人的亲属。这是符类福音没有记述的。另一方面，约翰也省略了彼得的发咒起誓，以及他的痛哭。
约翰所记述耶稣于彼拉多前受审的事件，比符类福音更加详细。他在此讽刺犹太人一方面很严谨地守安息日，另一方面却又无法严正地运用那制度去达到他们的目的。受审的第一幕于巡抚府（「衙门」）内发生。彼拉多审问了控方和辩方。犹太人虽然可以避免进入衙门，使自己不致不洁净（28节）。但他们已因为欲杀害耶稣的毒念而心里不洁净了。彼拉多要知道控状的内容是完全合理的（29节），但控方的答复不但是逃避，而且是厚颜无耻（30节）。虽然犹太公会有判人死罪的权力，但需要巡抚的允准方可执行死刑（31节）。约翰在第32节所说的话，意指耶稣已预言自己如何被钉死，因此犹太人拒绝自己行刑，就符合了预言的应验。
审讯中有另一件事，就是耶稣和彼拉多于衙门内的对话。彼拉多在第33节问的问题，应该理解为：你是否声称自己是犹太人的王？犹太公会故意利用称王的概念来迫使巡抚牵连在内。耶稣很清楚的表明，祂的王权概念和彼拉多的不同。若耶稣的「国」真的成为罗马帝国的威胁，祂早已经组织军队造反了。耶稣说祂的国「不属这世界」〔36节末句，直译：不是来自这里 （not from here）〕，意思是清楚的，那就是耶稣的王权和这世界的政权是完全另一个层次的。属灵的国度毋须倚靠武力。
彼拉多的问题带有轻蔑的意味（37节），他其实并不期待耶稣以介绍「真理」的概念来答复他。这里是本书唯一直接提及耶稣降生的记述。由于这世界的王权普遍与真理的概念无关，彼拉多的问题是「真理是甚么呢？」就容易理解了，虽然他也不是为了要认识真理而发出此问题。无论如何，他确实知道犹太人对耶稣的指控是没有根据的。从彼拉多对无辜的耶稣的审判，以及他向犹太人所提出的建议（39节）二者的冲突，我们看见他性格上的弱点。彼拉多的问题：「你们要我给你们释放犹太人的王么？」乃是故意借着那「王」字来表示他对犹太人的轻视。巴拉巴是「强盗」（直译），其实此字词也具有恐怖分子的意味，就如新国际译本所提的「造反」。犹太群众宁愿选择一个暴徒，也不要真理的王。
彼拉多向指控耶稣的人让步，他任由兵丁鞭打和羞辱耶稣（1-3节）。他或许认为可以借着鞭打耶稣来阻止犹太人进一步的要求，但他这样作是不合理的。由于他鞭打耶稣之后又重申耶稣无罪（4节），他似乎是要以此取代十字架的刑罚。第3节使用了未完成时态，显示兵丁们对耶稣的羞辱是连续不断的。彼拉多将耶稣带到众人面前，欲唤起他们的同情心（5节），但更显出他的懦弱和无常。我们无法知道当他说「你们看这个人」（5节）的时候，究竟是甚么含义；但这话却是意义深远，因为耶稣作为世人的代表，祂代替他们，遭受羞辱。四福音书对此事的记述是完全一致的，就是当彼拉多呼吁释放耶稣之后，众人的响应是「钉他十字架」（6节）。他答复众人，可让他们钉死耶稣时，所说的话充满讽刺，因为他晓得犹太人根本没有权柄可以如此行。那些控诉耶稣的人，因此援引律法，以宗教罪来治耶稣死罪。彼拉多因为众人提及律法而感到害怕，因为罗马的政策是维持当地的习俗和法律。无论如何，耶稣自称为「神的儿子」，对彼拉多来说，是充满神秘而又令他感到坐立不安的，因此他问道：「你是哪里来的？」（9节）耶稣对这问题保持缄默。其实这问题和众人的指控是有关连的。耶稣拒绝回答，激怒了彼拉多，他于是提醒耶稣有关他的权柄（10节）。然而，耶稣却藉此机会纠正了彼拉多对权柄的理解。彼拉多或许真的拥有该撒所赐的权柄，它却不是终极的权柄（11节）。耶稣知道整个救赎工作并非依赖罗马政府的权柄。该亚法的罪更加重了。
耶稣的审讯就在彼拉多的进退两难之间结束了，彼拉多一方面想释放耶稣，另一方面又不敢犯上对该撒不忠的罪名。对彼拉多来说，该撒的名字已经决定一切。彼拉多不能让该撒听到任何有关对他不忠的谣言（参路十三1）。彼拉多看重他自己的利益胜于维护公义。「铺华石处」（13节）就在巡抚府前面。这里提及「坐堂」，显示耶稣接受正式的审讯了。由于耶稣的死和犹太人的逾越节有很重要的关系，因此约翰在第14节提及那日是预备逾越节的日子，更说明了时间（「午正」）。耶稣后来成了真正的逾越节羔羊。彼拉多问群众：「我可以把你们的王钉十字架么？」（15节）其实是一句挑衅性的话。祭司长们代众人发表向该撒效忠的话，使彼拉多无法等闲视之。当中其实充满讽刺──他们意图表示比彼拉多更忠于该撒。如此一来，他们其实已经将以色列神的崇高地位，拱手让给罗马政府。
耶稣必须背负自己的十字架，显示祂被当作普通的囚犯来处死（17节）。约翰没有提到替耶稣背负十字架的西门（比较太二十七32；可十五21；路二十三26），不过此事应该是在往各各他的路上发生的。虽然约翰提到那两个和耶稣同钉十字架的人（19节），不过他没有描写他们的罪状。另一方面，只有约翰指出耶稣的「名号」，是彼拉多安放在十字架上的。虽然在不同记载中，名号的写法有点不同，但内中必定有「犹太人的王」几个字。不过，这名号却引起了祭司长们的怨恨和抗议，但彼拉多坚决反对作出任何让步（21-22节）。当约翰指到「犹太人的祭司长」，所用的字词形式与耶稣所得之名号成了强烈对比。
第23节的记述显示罪犯的衣服是属于当时值勤的兵丁。虽然符类福音没有提及，约翰却指出这事其实是应验了诗篇二十二篇18节的话。究竟有3个抑或4个妇女陪伴在十字架旁，引起争议（25节）。比较合理的解释应该是有4个妇女，「他母亲的姊妹」指的应该是撒罗米。在与马可福音十五章40节对照之下，显示马可福音所记述「小雅各布和约西的母亲」，就是这里所记述的革罗罢的妻子。耶稣特别交托祂所爱的门徒来照顾祂的母亲，显示祂即使在如此痛苦的时刻，仍然爱护顾惜祂的母亲。
耶稣在地上的使命快结束之际，祂发出了两次呼喊，一次是为祂肉体的需要（28节「我渴了」），另一次则是为祂使命的完成（30节「成了」）。约翰再次提到经文的应验，可能出自诗篇六十九篇21节。究竟「牛膝草」（hyssop）能否用来绑绒蘸醋，引起了一些争论（29节）。一个可能的解释是，此字原文应该是标枪用的枪（hysso），这可能性极低；没有任何文献可以支持在十字架旁的兵丁们有这类的枪。马可福音十五章36节记述的「苇子」倒是可用来绑绒蘸醋。那些醋也许加给耶稣一些气力，作最后的呼喊。
由于这个安息日是在逾越节期间，犹太人更加想遵守礼仪的要求（31节）。将腿打断并非刑法的一部分，那是为了使罪犯更快死亡（32-33节）。若不如此，罪犯可能拖上好几天才会断气。对于约翰而言，耶稣的肋旁被扎，并且流出血和水（34节），是非常重要的（35节）。有关「血和水」的解释有好几个，但其实约翰是要证实耶稣真的死了，来对比那些持幻影说的人，因为他们声称耶稣并非真正死亡。
第35节「看见这事的」可能是指作者本人或是第三者。若真是作者本人也无可厚非，因为他可能小心地隐瞒身分，来讲述他亲眼看见的一些事实。他强调事情的真实性，是为了引导人相信耶稣。此处的「真」和十五章1节葡萄树的「真」是同一个字。约翰这里引用的两段经文，是要证明出埃及记十二章46节和撒迦利亚书十二章10节应验了，也有人认为第一段经文与民数记九章12节及诗篇三十四篇20节有关。
约翰所记述主的安葬十分重要，因为当中提到尼哥底母。他和亚利马太人约瑟都是犹太公会的人。约瑟可以藉此身分亲近巡抚。约翰提到约瑟是「暗暗的作门徒」，但他所作的这件事情，却绝对不是秘密。他很勇敢地向彼拉多要求领取耶稣的身体。那些因为叛乱而治罪的人，死后通常都被扔到公坟去，但是彼拉多接受了约瑟的请求，显出他并不觉得耶稣的死是因为叛乱的缘故。约翰再次论到尼哥底母的时候（39节），特别提起他先前曾去找耶稣（三1-15；参七50）。约翰特别提及那时是在夜里，似乎要读者留意尼哥底母与耶稣现在的关系已经由黑暗中显露出来。尼哥底母所带来的没药和沉香分量不少，这显示他对耶稣的感情。耶稣安葬的地方也反映了约瑟的富裕，因为那里不只是坟墓，更是一个园子。那坟墓是「从来没有葬过人的」这句话很重要，表示耶稣的身体并没有接触其它尸体（似乎应验了诗十六10）
约翰很明显是选择性地报导耶稣复活的事件。他有意藉此来传达一些属灵的教训。四福音对这事件的记述各有不同，如约翰提到抹大拉的马利亚是一个人来到坟墓那里（1节），而马太和马可的记述则显示还有其它人在场。当然，大家的记述都包括了抹大拉的马利亚。可能是大家都离开后，剩下马利亚一个人在坟墓那里。约翰所关心的，是她跑来通知彼得和主所爱的那门徒有关空坟墓的事情，并他们的结论。约翰福音随之引入了耶稣向马利亚显现的那一幕。马利亚提到「我们」（2节），表示有其它妇女与她同去。她们一致结论，有人偷去了主的身体。或者，她是说出她猜想彼得和约翰的意见。作者很生动地描述当时的情形，那门徒跑得比彼得更快，只是没有进去（3-5节）。如果「那门徒」正是约翰，那么我们所得的乃是目击证人的记录。约翰很可能因为年轻而跑得比彼得快。两个门徒「看见」细麻布，但两者「看见」的动词是不同的希腊文。彼得的「看见」有凝视之意，词意较强烈；然而，却是约翰的「看见」带来相信（8节）。
约翰特别提到那些衣物在坟墓内的位置。「裹头巾没有和细麻布放在一处」，显示耶稣离开的时候，并没有动过它们。约翰当时很可能是将此情景，与拉撒路复活时尚包裹着细麻布作出比较。
第8节的「那门徒也进去，看见就信了」，必须以耶稣的复活显现，给门徒带来更大的信心作为背景来理解。此刻是信心的晨曦初露，此信将愈发增加。
第9节的论述是本福音书的特点。所援引的经文可以是整本旧约，也可能是某处经文（诗十六10或何六2皆有可能）。初期教会的信徒后来才领略到在耶稣的使命里，应验了经上的话，是何等重要。
马利亚此刻对主复活的信心尚未萌芽。她还是认为主的身体被偷去了（13节）。天使并没有安慰她，只是温柔的责备她。她不应该对着空坟墓哭泣，但她仍然未能从坟墓窃贼的理论里摆脱出来。她首先以为此事的祸首是那看园的（15节）。她的泪眼使她将耶稣当成了看园子的人。当耶稣向她发出与天使一样的问题，她不假思索地向祂索取耶稣的身体。她说话的时候是眼看别处，但当她认得是耶稣的声音，便立即转向耶稣。耶稣非常亲切的呼喊她的名字。约翰为外邦读者所翻译的「拉波尼」（16节），其实并非最崇高的称呼，不过这样的称呼显出马利亚终于认得耶稣了。
第17节的「不要摸我」应该理解为「不要握住我不放」。因此，这话并非与耶稣在第27节请多马摸祂一事互相矛盾。耶稣在此的意思是祂升天之后，他们之间将出现新的关系，而不是说祂升天之后才可以摸祂，因这显然是不可理喻的。事实上，「摸」耶稣并非继续相信耶稣的基础。多马是怀疑耶稣复活的消息。耶稣吩咐马利亚去传报祂「升上去」（而非回去）的消息，这含有事情尚要发展至高潮的意思。耶稣在第17节里说的「我的」及「你们的」有很重要的意义，它们将耶稣为子的身分及门徒为子的身分区别开来。当马利亚向门徒报告她与主相遇的事情时，她只顾着分享她的经验（18节），而忘记了主升天的事。
这段记载显示了门徒的情绪急速改变，他们从害怕（19节）转为喜乐（20节）。原因是复活的主宣告了平安。其实「愿你们平安」是一句很普通的问候语，但是从耶稣的口中说出，就流露了祂之前应许赐给门徒的平安（十四27，十六33）。耶稣向门徒显示手和肋旁的伤痕，有其重要的意义，因为门徒可以因此知道和相信祂就是耶稣。耶稣复活的身体带着这些记号。这里不断提到平安的恩赐，强调它的重要意义，尤其它与门徒将接受的使命有关（21节）。这些话的意思是指出门徒所接受的使命，和耶稣从父那里领受的使命是同样重要。
第22节和五旬节圣灵降临之间有甚么关系呢？有些人认为这两次圣灵降临是不同的。不过，这样的解释不大合理。最好的解释是，虽然我们从经文里看见门徒已经预尝了圣灵（「吹一口气」），此刻的领受圣灵，只不过是五旬节圣灵降临的预示。门徒显然没有完全被圣灵充满，因为他们还未表现出五旬节圣灵充满时的那种能力。这里所提到圣灵的赐予，是与赦罪有关（23节）。这里的应许是赐予所有门徒（动词是复数）。虽然人没有赦罪的权柄，但福音的宣扬就是要传递这信息。所用的动词是被动式，表示神才是那主动者。那些拒绝响应福音的人，他就留在自己的罪中。有关这应许，可与马太福音十六章18至19节及十八章18至19节比较。
虽然约翰曾经提过多马，现在他却分别提到多马的亚兰文和希腊文名字。多马的事件是本书其中一个高潮，因为它记述了他如何从不信到完全相信，充分呈现了本福音书的主题（参30-31节）。至于多马为何不在场，我们不得而知（24节）。他强烈不信其它门徒的见证，更加突显了他后来对耶稣的真正本性的认识（25节）。他需要实质的证据，来证明这位复活的基督就是他所熟悉的耶稣。「过了八日」（26节）表示那日子是复活主日后的下一个主日。关了的门显示门徒仍然害怕，耶稣再次保证的平安，正是他们所需要的。
耶稣精碓的重复多马所说的话，必定令他深感震撼。复活主对多马的疑惑深表体恤之情，不过，没有迹象显示多马真的用手去探那些钉痕（27节）。「我的主，我的神」是一句带着深厚神学意义的宣告（28节）。不论多马是否真的明白自己所说的话，这准确又崇高的宣告，成了约翰所记载信心之路的一句合适的结语。不过，多马坚持要求眼见，也成了此宣告的弱点。因此，耶稣必须纠正他的错误，耶稣指出那些没有看见就相信的人更加有福，那就是日后许多没有看见耶稣就相信的基督徒。我们的信心是建基于确实的证据（圣经、历代以来教会的见证、以及我们个人的经验），而非真正的见过耶稣。
很明显，本福音书所采用的数据是经过选择的，它们能引导读者对耶稣产生信心。本福音书提到耶稣的弥赛亚及神子两种身分，概括了它对耶稣的观点。借着信心和生命的结合，本福音书很简洁的概括了它的应用。
有一些学者提出本章的作者另有其人，不过，没有任何的流传抄本是缺少本章的。虽然它似乎是作者后来写下的一章，它的原意是对应作者所写的序言。作者另有其人的说法难以成立，因为本章在风格和使用字词上，均与先前的记述类似。
门徒已经离开耶路撒冷，来到加利利。只有在本福音书中，加利利海被称为「提比哩亚海」。我们无需因为第2节提到7个门徒，而意图找出其特殊的象征意义。值得留意的是，此处没有提到西庇太两个儿子的名字，这其实符合了传统认为约翰就是本福音书作者的说法。本段记述和路加福音五章1至11节所记述的打鱼事件，有一些颇有趣的平行之处。约翰记述门徒折腾了一夜，竟无所得着，可能有其象征意义（属灵光景仍是黑暗），但更加可能的是，这又是作者目睹的另一件事。无论如何，其中必定有属灵的原则，因为耶稣的出现确实把他们的处境改变了。
令人感到惊讶的是，门徒竟然无法认出耶稣，这情况持续至他们遵从耶稣的吩咐，在船的右边下网（4-6节）。如果他们不晓得祂究竟是谁，为何又遵行祂的命令呢？也许他们白白劳碌了整夜后，便愿意作出任何尝试。不过，他们所捕获的鱼确是可观。主所爱的那门徒最先认出耶稣，但他所做的，却是赶紧告诉彼得，而个性急躁的彼得则很快奔向耶稣。
这事件让我们看见目击者所描绘的细节，特别是对所网之鱼的描述、离开岸边的距离（8节）、炭火烤鱼，以及耶稣吩咐门徒拿鱼给祂（9-10节）。准确记述捕获的鱼量也是一样，这表示他们数算鱼获的时候，有人在旁观看。虽然如此，不少学者尝试寻找本段加插这数字的原因。有人提出数学方程式的说法：153=1+2+3..17，又或将此事与喂饱五千人的神迹连在一起（5个饼加上12个篮子等于17）。可是，单纯的接受这数目就是捕获的鱼量，比接受这些说法来得简单直接。耶稣呼唤门徒一起来用餐，显示这只是平常的早餐（12节）。「第三次」（14节）指的是耶稣向这一群门徒显现的次数，第二十章记述了其它的显现。
彼得面对耶稣一连3次的挑战，似乎是与他3次的不认主遥遥呼应（15-19节）。3个问题中的用词各有不同。第三次问题中的「爱」（phileō）与彼得所回答的「爱」字是一样的，但却与前两次问题中的「爱」（agapaō）不一样。然而，这两个字在新约中许多时候是互相交替使用的，因此不应把它们视为具有特别的意义。彼得一连3次所领受的托付也各有不同。第一和第三个托付所用的字词是「喂养」，而第二个托付的用词是「牧养」，包括了所有牧养羊群的工夫。第一个托付所关怀的是「小羊」，第二和第三个托付所关怀的则是「羊」。这些区别在神学上没有甚么特别的意义。彼得第三次的回应是「忧愁」的（17节），这显然是因为他一连被主问了3次而感到难受。
事实上，彼得已经清楚获得耶稣的饶恕，并且领受了新的责任，虽然他曾经彻底否认主，他仍然获得使徒的职分，对于今天那些觉得否认主之后就无法获得赦免的基督徒来说，这实在是很大的鼓励和盼望。主只是呼唤我们悔改和爱祂。
根据传统的说法，第18节有关彼得的预言已经应验了，彼得被倒钉在十字架上。不过，这传统说法本身没有任何有力的支持，甚至可能是由本文推论出来的。论到彼得将以死来荣耀神，约翰的意思是指彼得将「跟从」耶稣的脚踪行（19节）。有些人将彼得「跟从」耶稣解释为二人在海边行走，其实此处「跟从」的真正意思是指委身服侍主。彼得问及约翰的将来，以及耶稣的回答，清楚告诉他不应多事，也似乎是为了纠正本福音书成书期间所流行的一些谣传。如果约翰在本福音书成书之后仍然活着（假设他就是本福音书的作者），有关他不死（23节）的谣言就必须澄清。
第24节应视为延续前面的经文。本节最自然的解释就是它暗示约翰就是本福音书的作者。因此，「我们也知道他的见证是真的」表示当时有人愿意证实主所爱的那门徒真正的身分。最后一节经文强调本福音书所记载的事件是经过选择的，同时也指出耶稣比本福音书所记述的祂更加伟大。
格式化：马靖龙弟兄