腓利门书是保罗最短的一封书信，而且比其它由保罗署名的，无论是写给一个群体或多个群体的书信，更加接近当时一般私人书信。然而，这并不意味它只是一封私人的来往书信。正如使徒其它较长的书信，它是早期基督徒宣教的一个方式，也是保罗未能亲自在场的一个替代。
本书信的受信人是腓利门，保罗形容他是「亲爱的同工」（1节）。问候里提到其它的人有亚腓亚，她也许是腓利门的妻子；亚基布，他是与保罗「一同当兵的」（他可能是腓利门和亚腓亚的儿子）；还有在他家里聚会的教会（，2节）。
腓利门书的背景可以从信的内容推论出来，虽然我们未必清楚一切的详情。一位名叫阿尼西母的奴隶曾不公正地对待他的主人腓利门──他是一个住在歌罗西城的基督徒（1-2节；参西四9、17）。我们不很清楚阿尼西母是如何得罪他的主人，但是从第18节可以假设他是偷了主人的钱，然后逃走。然而，「他若亏负你或欠你甚么」（18节）一句，很可能仅是说明阿尼西母曾被差遣去履行某些任务，但他却过了时日仍未返回。
在保罗那个时代的罗马世界，奴隶逃走的事件时有所闻。他们加入盗贼集团，或试图匿藏在大城市的次文化里，或逃去外国工作，或在庙宇里寻求庇护。阿尼西母遇到保罗，他们可能是在监狱中认识的；保罗带领他归主（10节）。明显地，使徒愈来愈享受他的陪伴（参12节），而且从他的服侍里得到帮助（11、13节）。他深深的希望阿尼西母能代替腓利门，留在他的身旁，并为福音的缘故服侍自己。然而他没有权利留住阿尼西母。不单按罗马法律是不合法的，这也会使他和腓利门之间的基督徒关系产生裂痕。
于是保罗差遣阿尼西母回到他的主人腓利门那里，同时带一封信回去。保罗使用温柔的语言，并精挑细选的措辞，要求腓利门接纳他的奴隶，正如接纳保罗一样（17节），那就是如同一个「亲爱的兄弟」（16节）。他不希望主人和奴隶之间的和好被要求赔偿的事破坏了，于是他要求所有因阿尼西母而引起的债务，都算在他的账上。毕竟，腓利门自己岂不也是亏欠了保罗吗？因为腓利门是由保罗带领归主的（19节）。最后的决定全在于腓利门，所以保罗拒绝以任何方式（14节）命令或强制他。使徒有信心相信他的朋友会以敬虔的方式响应，并且相信他「所要行的必过于我所说的」（21节）。这些字句使人干著急，但是我们可以在字里行间得到结论，这「过于」保罗所要求的，是腓利门愿意为了福音的缘故，把阿尼西母归还给保罗（21节）。
温特〔S.C. Winter, New Testament Studies 33 （1987）, pp.1-15〕提出另一个解释，说本书信是写给在歌罗西的教会，而不是写给个人的；那时阿尼西母与保罗同在监狱里，因为亚基布差他代表教会去到那里。保罗要求阿尼西母得「释放」（买赎他的自由），并将他从歌罗西的工作责任中引退出来，以便与保罗一同事奉。但是这个解释引起极多难解之处，特别是有关这封信的公众性、著作的情况和保罗之请求的本质（参以下注释部分）。
过去极少人对保罗是否本书信的作者提出质疑。当他温柔地处理一个困难的、属个人性质和社会性质的情况时，信中明显地带着使徒的身分。
这封信的写作地点与歌罗西书相同，这地方有3个可能性──罗马、该撒利亚或以弗所。衡量所有的可能性之后，罗马是最有可能的。这封信最有可能的写作日期是相当早，乃是保罗（第一次）在罗马被拘禁的时候，即主后60至61年。
没有新约作者对奴隶制度的起源有任何评论。同样，在新约里，奴隶制度是没有任何神学上的支持，或是对一个人可以拥有另一个人作出任何辩护。甚至新约里有直接的证据显示，早期有些基督徒本身就是奴隶，有些则是蓄有奴隶的主人。再者，保罗或其它人并无任何改革的建议，来解决或完全废除这邪恶的奴隶制度。反而，新约的重点是如何在这制度里改变人际关系。
保罗在哥林多前书七章21至24节所提到的，不是讨论奴隶制度较广义的课题，而是释放基督徒奴隶的可能性。虽然许多人认为保罗是鼓励基督徒奴隶寻求自己的自由，但是较有可能的是他在鼓励他们过一个符合他们在基督里新身分（蒙召）的生活。这是一个比任何社会性的、法律上的，或其它的改变更加基本的课题。
正如新约的其它书信，腓利门书并不特别处理奴隶制度这个较广义的问题。反而，保罗在16至17节处理的是在基督里的弟兄之爱。在现存制度里奴隶与主人的关系，必须置于同属于一位主的亮光中来处理。如今这个关系已被超越。阿尼西母也许有权在这世上得到自由，而且这自由是被视为极有价值的；但最重要的是他已接受了神的呼召并跟随祂（参16节；林前七21-24），他是否奴隶已无关重要了。腓利门书进入了一个个人关系的层面，在那里，奴隶制度只能枯干凋萎。 请参「书信的研读」。
保罗处理阿尼西母事件的态度，反映出基督教一个很重要的处世原则，就是基督的爱能改变社会最基本的问题。而保罗在此事上待人接物的智慧，以及对肢体的爱，给我们作了很好的榜样。
第1-2节保罗按照他在其它书信的模式（参西一1）提及作者（和他的同伴）、受信者和作出问候。「为基督耶稣被囚的」是指保罗实在是被监禁，而不是一个形而上的捆锁，他盼望很快就能得到释放（22节）。因此一开始所提到的是使徒的情况：他为福音的缘故被囚（13节）。「为基督耶稣」的意思是为基督的缘故。保罗在问候的部分提到提摩太和他同在一处，不是作为发信人，而是因为保罗在以弗所事奉时，提摩太长期与他在一起，很可能在那里见过腓利门。腓利门被形容为是「我们亲爱」的朋友和同工，这词句指出他在使徒的福音事工中是一位特别被看重的同工。本书信是特别写给他的。虽然保罗的问候包括亚腓亚、亚基布和在他家里聚集的教会（参25节），但这是出于他的礼貌；书信的本体（4-22节用的是单数）乃是对着一个人说话，他就是腓利门。亚腓亚可能是腓利门的妻子。一同当兵的亚基布很明显是在保罗的宣教事工上占了一个重要的地位，并且在保罗受逼迫和试炼的过程中──甚至在被监禁的时期，曾忠心地陪伴着他。他是歌罗西城的居民，可能是腓利门和亚腓亚的儿子（对此我们没有确切的数据证实），他在完成主所托付的事工上得着特别的鼓励（西四17）。
第3节保罗的问候显出他对腓利门和他的基督徒朋友的关怀，保罗愿他们能更明白和感激神丰盛的恩典──他们在这恩典中得以站立，并且明白和感激保罗在他们当中所设立的平安（参罗五1-2）。
保罗感恩的部分（4-6节）是他所有书信里最短的，而更接近当时一般私人信件的用法。第4至7节是为这封信的主要目的铺路，就是为阿尼西母提出的请求作好准备。
第4节保罗开始写这一段时，他最关心的是感恩。那是向独一真神所献上的感恩，并且他加上一个代名词「我的」（参罗一8；腓一3），强调他意识到神与他有个人的关系。为腓利门的成长接受感恩者，是诸位诗人的神，而借着耶稣基督，保罗认识那是他的「父」（3节）。「常」这个字指出是常常的而非不停的感恩，而且借着上一句「我祷告的时候提到你」来说明他的感恩。
第5节保罗已收到（「听说」用现在时态）对于腓利门的爱心和信心的报告，这使他向神献上感恩。这消息可能来自以巴弗（西一4、7-8），也可能来自阿尼西母。信心（信实）和爱心有时被看为是对主耶稣和所有神的子民发出的。另一可能性是爱心和信心已很紧密地相连（可译成「虔诚」或「敬虔」），而这态度一方面是向着主耶稣，另一方面是向着神的子民。
此处最好是以「交错形式」（ABBA的模式）来理解，腓利门的爱心是向着所有神的子民，而他的信心乃是在主耶稣里。一般来说，保罗把信心摆在爱心之前。但在这里，由于引发写这封信的是爱心，他把重点放在腓利门的爱心上（参7、9节）。这就带出腓利门的信心（以「在主耶稣里」来表达），继而引导人思想到「爱」的广泛，那就是他过去曾作在所有神子民身上的。
第6节保罗的感恩直接带出他的请求向腓利门的慷慨发出之请愿。它意谓保罗不能只为他的同工感谢神，却不为他代祷。这节经文不容易解释，因此下列的建议只是尝试或假设。「所同有」（希腊文）有主动、概括的意思，一般译为「慷慨」或「自由」。「你的信心」指出这种仁爱的根源，而「显出功效」最好是作「有果效」的意思。他的信心已经显出功效；如今保罗盼望在阿尼西母的事上能有果效。「各样善事」提到的是腓利门作基督徒时所有属于他的福分；而「使人知道」（字面意思是「在一个知识里」）则带出了解和经验这两方面的意思。最后一句（字面意思是「进入基督」）可能提到与基督联合，因此可以正确地译为「在基督里」。使徒极之盼望腓利门能够了解并经验到作为一个信徒所拥有的财富。于是他请求腓利门的慷慨能有效地引导他（也就是说，他希望他同工的自由，能使他在阿尼西母的事上有所行动）。这将帮助腓利门更深入了解并感激他在基督里所得的一切属于他的祝福（和其包括在里面的一切）。
第7节保罗转而直接向腓利门说话，并告诉腓利门，他如何得到了安慰与更新。后者的爱心已在歌罗西的基督徒身上具体显明出来，而且保罗可以与这些同样是信徒的人认同（有些人是他没有见过的；参西二1），因为他同时也领受到所给予他们的喜乐和鼓励。当基督徒作出超过他们分内的事，表达对他人的爱心和关怀的时候，就营造出一个温暖与充满感激的深远效果。
保罗在一个细心结构的段落里，衡量他的言辞，他为腓利门一个逃走的奴隶阿尼西母恳求。他以描述阿尼西母的情况作为开始（8-12节）。
第8节腓利门美好的基督徒品德在前面的经文里已有明确的描述（英译本有「因此」一字表示前后有关联）。这意谓保罗能够开诚布公并诚挚的说话。他们的友谊极可能是从腓利门信主时开始，那时保罗是神所使用的器皿（19节）。他作外邦使徒的职分，也使他能在基督里放胆地说话。做「你合宜的事」（字面意思是「合适的事」）指出甚么是腓利门应该作的。作为一个基督徒，在有关阿尼西母的事上，他做他所该做的。保罗没有明说那是甚么事，只是指出他其实可以在这件事上命令腓利门。
第9节反而，他将他的恳求（希腊文）建基于其它立场上，即腓利门的「爱心」。这个用词在前面段落里用过两次，它指出腓利门的爱心是如何具体地向圣徒们表现出来。我们很自然会在这里采用同样的意思，而它不只是一个爱心的原则，甚或是保罗的爱。就因为保罗很确切的知道腓利门慷慨的心，于是他能恳求而不是命令。而且他期盼他朋友的爱心能再度彰显，这一次是表现在阿尼西母的身上。在这个恳求的后面是一位又是「使节」（英译法，中译较正确，「有年纪的」），又是「为基督耶稣被囚的」，他现在正为基督的缘故受苦。因此这是一个有力的恳求。
第10节保罗现今提出他的恳求，就是他写这封信的特别目的。受信人（单数的「你」）是腓利门，不是教会。这个恳求是为着他在监狱里带领信主，后来与他很亲密的阿尼西母。属灵父母的形象曾用在哥林多人（林前四15）、提摩太（林前四17）和提多（多一4）身上，这些人都是因着福音而信主。
第11节身为弗吕家奴隶──他们是众所周知不可靠而且不诚实的──阿尼西母从前对腓利门是「没有益处」的。但发生了一个极大的改变，保罗用先前和如今的对比来形容它。这个在阿尼西母接受基督为主时发生的极大转变，使他如今得以被称为「有益处」。这真是一个名副其实的描述，因为阿尼西母的意思是「有益处的」或「有用的」。
第12节保罗所打发带一封信回去给腓利门的，是保罗最亲爱的一个人。事实上，保罗是如此的喜爱他，称他为「心上人」。这好像是保罗作出了自我牺牲，将他归还给他的主人。有些人认为「打发回去」的意思是保罗将阿尼西母送回给腓利门，让他作决定，希望他能允许阿尼西母回到保罗那里去。
第13节他简短地描述写这封信并差遣阿尼西母回去时的情形。「我本来有意」表达保罗的意愿是要留住阿尼西母。他曾忠心的服侍保罗，保罗希望他能代替不在场的腓利门继续服侍他。「替你」微妙而聪明的表达，因为保罗假设若有可能的话，腓利门必会愿意这样服侍他（特别是在福音的事工上）。
第14节然而，尽管保罗如何想要留住阿尼西母，但是他不愿做任何未经腓利门同意的事。因为这样将会使基督徒间的关系产生裂痕。他不愿强制他的弟兄或干涉他的决定。「出于甘心」指的是一个自由达成的决定，而「不是出于勉强」，表示保罗限制自己，不在腓利门身上施加任何压力去强迫他作出某个决定。保罗的礼貌和机智是给所有面对微妙人际关系问题的人一个极好的榜样。他让腓利门自己去决定。
第15节保罗不留下阿尼西母的另一个原因是：他若这样做，也许会与神隐藏的目的相违背。「他暂时离开」在原文是被动语态，指出使这事情发生的是神。腓利门的注意力于是从阿尼西母个人的错处，转向神可能会使这些错处成为美事（参创四十五4-8）。若是（注意「或者是」）神在这件事的背后有一个隐藏的目的，那么神的意思就是腓利门应以一个全新的关系（作为主内弟兄）接纳阿尼西母回去，而且是「永远的得着他」。
第16节这是信中第一次提到阿尼西母是个奴隶。但马上就提出解释：他不再是「奴仆」，而是「亲爱的兄弟」。保罗很小心地选择用词；他不是说腓利门应该接受一个自由人而非奴隶来收纳阿尼西母，或是他应该在阿尼西母一回去就释放他。但是无论阿尼西母仍然是奴隶与否，他已不能再被「当作」奴隶。一个改变已在他身上产生果效，但这与他得自由的可能性无关。他是一位「亲爱的兄弟」，这与称呼腓利门（7、10节）是完全一样的，因为他也是基督身体的一分子。这个主人与奴隶的关系必须在同属一位「主」之下处理。
保罗并非实际处理奴隶制度的问题，或是解决它一个独特的事件。而是视之为弟兄之爱的课题。虽然阿尼西母属世的自由有正面的价值，在最后的分析里指出对身为基督徒的他来说，是奴隶或是自由身并不是最重要的。重要的是他接受了神的选召并跟随祂（林前七21-24）。
第17节虽然保罗在第10节提到他为阿尼西母向腓利门提出的请求，但只有在此，他才列出请求的内容，这是本书信真正的重点。他将他的请求建立在他与腓利门亲近的关系上──他们是同伴。这不是生意伙伴的关系，也不是特别的友谊。而是他和腓利门的「团契」，是建于神的儿子耶稣基督，他们同是蒙祂的恩召（林前一9）。这个连系使他们在相同的事上拉近了关系，因此「同伴」一词也许加上了在意义上有细微差别的「同工」。保罗不但为阿尼西母代求；他也与他认同：「收纳他如同收纳我一样」。
第18节使徒现在提防任何拦阻腓利门接纳阿尼西母的可能性。他不愿看见这和好会因要求赔偿而失败。保罗要求腓利门将所有因阿尼西母逃走而累积的债项都算在他的账上。如父亲为儿子一样（参10节），保罗宣称他已预备好偿付他的任何损失。
第19节这是一个插句，附上他自己的保证金或欠账单：「我必偿还」。然后继续第18节的意思，他提醒腓利门，说腓利门也是有欠于他──腓利门是因他而信主的。因此后者欠的是他的属灵生命，而这是比阿尼西母所欠的更大的债项。这是一个平铺直述的信息。腓利门会明白阿尼西母经历了与他信主时所尝到神的恩典。他应接纳阿尼西母为主内的弟兄，而且即使他有很好的理由，也不可向他发怒。
第20节保罗以加强他的要求来结束书信的本体部分，并且表示他的盼望是腓利门能在基督里更新他的心灵。
在信末短短的几句话里，保罗向腓利门表示他有信心相信他会作出正确的决定，然后宣布他计划去探访他（21、22节），还加上一个简短的问候（23、24节）和末了的祝福（25节）。
第21节保罗深信腓利门会「顺服」，不是由于隐藏在他对腓利门的恳求与要求之下的使徒权柄，而是相信神的旨意。他已为腓利门能深刻明白神的旨意，并在爱里的行动而祷告（6节）。他从前持续不断地对圣徒慷慨施予，已有清楚的证据显出他是顺服的（7节）。保罗如今期望他能再次顺服。事实上，他相信腓利门「所要行的，必过于我所说的」。这仅是一个暗示，就是说为了福音事工的缘故，将阿尼西母退还给保罗。
第22节这里提到的「住处」是表示保罗认为他的被囚只是暂时的。他希望能亲自探访腓利门，这若实现了，乃是因为神已恩慈地应允了这个家庭教会的祷告。保罗宣布这个盼望，强调了他为阿尼西母的代求，因为这能让他亲自查看事情是如何成就的。
第23-24节保罗所问安的人也曾在歌罗西书四章10至17节提及，而结语（25节）与加拉太书的结语相同。
格式化：马靖龙弟兄